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PHYLOGENETIC ANALYSIS OF THE S SEGMENT FROM JUQUITIBA HANTAVIRUS: IDENTIFICATION OF TWO DISTINCT LINEAGES IN OLIGORYZOMYS NIGRIPES
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Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Laboratório Nacional de Computacão Científica. Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional. Petrópolis, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Silvestres Reservatórios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Silvestres Reservatórios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto Nacional de Câncer. Programa de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Prefeitura Municipal de Cuiabá. Cuiabá, MT, Brasil.
Centro Universitário Vila Velha. Vila Velha, ES, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Nacional de Saúde - FUNASA. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Silvestres Reservatórios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia e Parasitologia de Mamíferos Silvestres Reservatórios. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto Nacional de Câncer. Programa de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Prefeitura Municipal de Cuiabá. Cuiabá, MT, Brasil.
Centro Universitário Vila Velha. Vila Velha, ES, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Nacional de Saúde - FUNASA. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
The purpose of this study was to investigate the phylogenetic relationship of the Juquitiba virus (JUQV)
carried by Oligoryzomys nigripes in endemic and non-endemic areas of Brazil. Wild rodents infected with
the Juquitiba virus (JUQV) were sampled from a non-Hantavirus Cardiopulmonary Syndrome endemic
area in Brazil. Three strains from O. nigripes were identified by the sequencing of the complete S segment
and compared to previous studies of JUQV available in GenBank. The phylogenetic analysis of the complete
S segment revealed two distinct clades; the first clade was composed of the JUQV from two nonendemic
areas in Brazil and the second clade contained JUQV strains from Argentina, Paraguay and other
Brazilian endemic areas.
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