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GENE REGULATORY NETWORK INFERENCE AND ANALYSIS OF MULTIDRUG-RESISTANT PSEUDOMONAS AERUGINOSA [PREPRINT]
Rede reguladora de genes
Múltiplos farmacos
Análise
Multidrug-resistant
Gene regulatory network
Analysis
Autor
Afiliación
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Petrópolis, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Petrópolis, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Resumen en ingles
BACKGROUND Healthcare-associated infections caused by bacteria such as Pseudomonas aeruginosa are a major public health problem worldwide. Gene regulatory networks computationally represent interactions among regulatory genes and their targets, an important approach to understand bacterial behavior and to provide novel ways of overcoming scientific challenges, including the identification of potential therapeutic targets and the development of new drugs. OBJECTIVES Our goal in this manuscript is to present a reconstruction of multidrug-resistant P. aeruginosa gene regulatory network and to analyze its topological properties. METHODS The methodology was based on gene orthology inference by the reciprocal best hit method. We used the genome of P. aeruginosa CCBH4851 as the basis of the reconstruction process. This multidrug-resistant strain is representative of an endemic outbreak in Brazilian territory belonging to ST277. FINDINGS As the main finding, we obtained a network with a larger number of regulatory genes, target genes and interactions compared to previous work. Topological analysis results are accordant to the complex network representation of biological processes. MAIN CONCLUSIONS The network properties are consistent with P. aeruginosa biological features. To the best of our knowledge, the P. aeruginosa gene regulatory network presented here is the most complete version available to date.
Palabras clave en portugues
Pseudomonas aeruginosaRede reguladora de genes
Múltiplos farmacos
Análise
Palabras clave en ingles
Pseudomonas aeruginosaMultidrug-resistant
Gene regulatory network
Analysis
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