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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/37962
GENOME SEQUENCING REVEALS COINFECTION BY MULTIPLE CHIKUNGUNYA VIRUS GENOTYPES IN A RECENT OUTBREAK IN BRAZIL
Idoso
Brasil / epidemiologia
Febre de Chikungunya / epidemiologia
Febre de Chikungunya / virologia
Vírus Chikungunya / classificação
Vírus Chikungunya / genética
Vírus Chikungunya / isolamento & purificação
Coinfecção / epidemiologia
Coinfecção / virologia
Surtos de Doenças
Feminino
Genoma Viral
Genótipo
Humanos
Masculino
Pessoa de Meia-Idade
Filogenia
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Sequenciamento Completo do Genoma
Adulto Jovem
Autor(es)
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal Rural de Pernambuco. Departamento de Medicina Veterinária. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Saúde Pública. Recife, PE, Brasil.
CNRS Université Paris-Sud. Evolução Laboratorial. Gênomos. Comportamento. Ecologia. Gif sur Yvette, France.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia e Terapia Experimental. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Universidade Federal Rural de Pernambuco. Departamento de Medicina Veterinária. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Saúde Pública. Recife, PE, Brasil.
CNRS Université Paris-Sud. Evolução Laboratorial. Gênomos. Comportamento. Ecologia. Gif sur Yvette, France.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia e Terapia Experimental. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Resumo em Inglês
Chikungunya virus (CHIKV) is an RNA virus from the Togaviridae family transmitted by mosquitoes in both sylvatic and urban cycles. In humans, CHIKV infection leads to a febrile illness, denominated Chikungunya fever (CHIKF), commonly associated with more intense and debilitating outcomes. CHIKV arrived in Brazil in 2014 through two independent introductions: the Asian/Caribbean genotype entered through the North region and the African ECSA genotype was imported through the Northeast region. Following their initial introduction, both genotypes established their urban cycle among large naive human populations causing several outbreaks in the Americas. Here, we sequenced CHIKV genomes from a recent outbreak in the Northeast region of Brazil, employing an in-house developed Next-Generation Sequencing (NGS) protocol capable of directly detecting multiple known CHIKV genotypes from clinical positive samples. Our results demonstrate that both Asian/Caribbean and ECSA genotypes expanded their ranges, reaching cocirculation in the Northeast region of Brazil. In addition, our NGS data supports the findings of simultaneous infection by these two genotypes, suggesting that coinfection might be more common than previously thought in highly endemic areas. Future efforts to understand CHIKV epidemiology should thus take into consideration the possibility of coinfection by different genotypes in the human population.
DeCS
AdultoIdoso
Brasil / epidemiologia
Febre de Chikungunya / epidemiologia
Febre de Chikungunya / virologia
Vírus Chikungunya / classificação
Vírus Chikungunya / genética
Vírus Chikungunya / isolamento & purificação
Coinfecção / epidemiologia
Coinfecção / virologia
Surtos de Doenças
Feminino
Genoma Viral
Genótipo
Humanos
Masculino
Pessoa de Meia-Idade
Filogenia
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Sequenciamento Completo do Genoma
Adulto Jovem
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