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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/47064
Tipo de documento
PreprintDireito Autoral
Acesso restrito
Data de embargo
2030-03-25
Coleções
- PE - IAM - Preprint [18]
Metadata
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A SANGER-BASED APPROACH FOR SCALING UP SCREENING OF SARS-COV-2 VARIANTS OF INTEREST AND CONCERN
Sequenciamento Sanger
Vigilância molecular
COVID-19
SARS-CoV-2
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
Sanger sequencing
Molecular surveillance
COVID-19
SARS-CoV-2
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/52140
A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/
Autor(es)
Afiliação
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbiologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataforma Tecnológica. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataforma Tecnológica. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataforma Tecnológica. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataforma Tecnológica. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.
Resumo em Inglês
The global spread of new SARS-CoV-2 variants of concern underscore an urgent need of simple deployed molecular tools that can differentiate these lineages. Several tools and protocols have been shared since the beginning of the COVID-19 pandemic, but they need to be timely adapted to cope with SARS-CoV-2 evolution. Although whole-genome sequencing (WGS) of the virus genetic material have been widely used, it still presents practical difficulties such as high cost, shortage of available reagents in the global market, need of a specialized laboratorial infrastructure and well-trained staff. These limitations result in genomic surveillance blackouts across several countries. Here we propose a rapid and accessible protocol based on Sanger sequencing of a single PCR fragment that is able to identify and discriminate all SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) identified so far, according to each characteristic mutational profile at the Spike-RBD region (K417N/T, E484K, N501Y, A570D). Twelve COVID-19 samples from Brazilian patients were evaluated for both WGS and Sanger sequencing: three from P.2, two from P.1 and seven from B.1.1 lineage. All results from the Sanger sequencing method perfectly matched the mutational profile of VOCs and non-VOCs described by WGS. In summary, this approach allows a much broader network of laboratories to perform molecular surveillance of SARS-CoV-2 VOCs and report results within a shorter time frame, which is of utmost importance in the context of rapid public health decisions in a fast evolving worldwide pandemic.
Palavras-chave
Variantes preocupantesSequenciamento Sanger
Vigilância molecular
COVID-19
SARS-CoV-2
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
Palavras-chave em inglês
Variants of concernSanger sequencing
Molecular surveillance
COVID-19
SARS-CoV-2
Versão posterior
Referência
BEZERRA, Matheus Filgueira et al. A Sanger-based approach for scaling up screening of SARS-CoV-2 variants of interest and concern. medRxiv: The Preprint Server for Health Sciences, p. 1-12, 25 Mar. 2021.DOI
10.1101/2021.03.20.21253956Notas
Este preprint relata novas pesquisas que não foram certificadas por revisão por pares e não devem ser usadas para orientar a prática clínica.A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/
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