Author | Slavov, Svetoslav Nanev | |
Author | Bezerra, Rafael dos Santos | |
Author | Rodrigues, Evandra Strazza | |
Author | Santos, Elaine Vieira | |
Author | Borges, Joseane Serrano | |
Author | de la Roque, Débora Glenda Lima | |
Author | Patané, José Salvatore Leister | |
Author | Lima, Alex Ranieri Jerônimo | |
Author | Ribeiro, Gabriela | |
Author | Viala, Vincent Louis | |
Author | Lima, Loyze Paola Oliveira de | |
Author | Martins, Antonio Jorge | |
Author | Barros, Claudia Renata dos Santos | |
Author | Marqueze, Elaine Cristina | |
Author | Bernardino, Jardelina de Souza Todão | |
Author | Moretti, Debora Botequio | |
Author | Brassaloti, Ricardo Augusto | |
Author | Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos | |
Author | Mariani, Pilar Drummond Sampaio Corrêa | |
Author | Kitajima, João Paulo | |
Author | Santos, Bibiana | |
Author | Assato, Patricia Akemi | |
Author | Costa, Felipe Allan da Silva da | |
Author | Poleti, Mirele Daiana | |
Author | Lesbon, Jessika Cristina Chagas | |
Author | Mattos, Elisangela Chicaroni | |
Author | Banho, Cecilia Artico | |
Author | Sacchetto, Lívia | |
Author | Moraes, Marília Mazzi | |
Author | Grotto, Rejane Maria Tommasini | |
Author | Souza Neto, Jayme A. | |
Author | Giovanetti, Marta | |
Author | Alcântara, Luiz Carlos Junior de | |
Author | Nogueira, Maurício Lacerda | |
Author | Fukumasu, Heidge | |
Author | Coutinho, Luiz Lehmann | |
Author | Calado, Rodrigo Tocantins | |
Author | Machado Neto, Raul | |
Author | Covas, Dimas Tadeu | |
Author | Sampaio, Sandra Coccuzzo | |
Author | Elias, Maria Carolina | |
Author | Kashima, Simone | |
Access date | 2022-01-18T19:13:38Z | |
Available date | 2022-01-18T19:13:38Z | |
Document date | 2022 | |
Citation | SLAVOV, Svetoslav N. et al. Genomic monitoring of the SARS-CoV-2 B1.1.7 (WHO VOC Alpha) in the Sao Paulo state, Brazil. Virus Research, v. 308, 198643, p. 1-7, 2022. | pt_BR |
ISSN | 0168-1702 | pt_BR |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/50802 | |
Description | Since January 2020 Elsevier has created a COVID-19 resource centre with free information in English and Mandarin on the novel coronavirus COVID19. The COVID-19 resource centre is hosted on Elsevier Connect, the company's public news and information website. Elsevier hereby grants permission to make all its COVID-19-related research that is available on the COVID-19 resource centre - including this research content - immediately available in PubMed Central and other publicly funded repositories, such as the WHO COVID database with rights for unrestricted research re-use and analyses in any form or by any means with acknowledgement of the original source. These permissions are granted for free by Elsevier for as long as the COVID-19 resource centre remains active. | pt_BR |
Language | eng | pt_BR |
Publisher | Elsevier | pt_BR |
Rights | open access | pt_BR |
Subject in Portuguese | SARS-CoV-2 | pt_BR |
Subject in Portuguese | Vigilância genômica | pt_BR |
Subject in Portuguese | Alpha VOC | pt_BR |
Subject in Portuguese | B.1.1.7 | pt_BR |
Subject in Portuguese | São Paulo | pt_BR |
Subject in Portuguese | Brasil | pt_BR |
Title | Genomic monitoring of the SARS-CoV-2 B1.1.7 (WHO VOC Alpha) in the Sao Paulo state, Brazil | pt_BR |
Type | Article | pt_BR |
DOI | 10.1016/j.virusres.2021.198643 | |
Abstract | The SARS-CoV-2 alpha VOC (also known as lineage B.1.1.7) initially described in the autumn, 2020 in UK,
rapidly became the dominant lineage across much of Europe. Despite multiple studies reporting molecular evidence
suggestive of its circulation in Brazil, much is still unknown about its genomic diversity in the state of S˜ao
Paulo, the main Brazilian economic and transportation hub. To get more insight regarding its transmission dynamics
into the State we performed phylogenetic analysis on all alpha VOC strains obtained between February
and August 2021 from the Sao Paulo state Network for Pandemic Alert of Emerging SARS-CoV-2 variants. The
performed phylogenetic analysis showed that most of the alpha VOC genomes were interspersed with viral
strains sampled from different Brazilian states and other countries suggesting that multiple independent Alpha
VOC introductions from Brazil and overseas have occurred in the S˜ao Paulo State over time. Nevertheless, large
monophyletic clusters were also observed especially from the Central-West part of the S˜ao Paulo State (the city of Bauru) and the metropolitan region of the S˜ao Paulo city. Our results highlight the Alpha VOC molecular
epidemiology in the S˜ao Paulo state and reinforce the need for continued genomic surveillance strategies for the
real-time monitoring of potential emerging SARS-CoV-2 variants during the ever-growing vaccination process. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | NGS Soluções Genômicas. Piracicaba, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Mendelics Análise Genômica SA. Sao Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Mendelics Análise Genômica SA. Sao Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil / Faculdade de Medicina de Botucatu. Hospital de Clínicas de Botucatu. Laboratório de Biotecnologia Aplicada. Laboratório de Biologia Molecular. Botucatu, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | NGS Soluções Genômicas. Piracicaba, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil / Instituto Butantan, São Paullo, SP, Brasil / Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil / Instituto Butantan, São Paullo, SP, Brasil / Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto.. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | pt_BR |
Affilliation | Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | pt_BR |
Subject | Genomic surveillance | pt_BR |
Subject | SARS-CoV-2 | pt_BR |
Subject | Alpha VOC | pt_BR |
Subject | B.1.1.7 | pt_BR |
Subject | São Paulo | pt_BR |
Subject | Brazil | pt_BR |