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SARS-COV-2 MOLECULAR EPIDEMIOLOGY CAN BE ENHANCED BY OCCUPATIONAL HEALTH: THE EXPERIENCE OF MONITORING VARIANTS OF CONCERN IN WORKPLACES IN RIO DE JANEIRO, BRAZIL
SARS-CoV-2
Assistência médica ocupacional
Vigilância
Variantes de preocupação (VOCs)
Sequência molecular
Sequenciamento (NGS) de próxima geração (profundo)
SARS-CoV-2
Occupational medical care
Surveillance
Variants of concern (VOCs)
Molecular sequence
Next generation (deep) sequencing (NGS)
Autor
Afiliación
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Ciências Biomédicas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Instituto SENAI de Inovação em Química Verde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças de Populações Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto SENAI de Inovação em Química Verde, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Ciências Biomédicas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Instituto SENAI de Inovação em Química Verde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Centro de Inovação SESI em Saúde do Trabalhador. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Inovação em Doenças de Populações Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Resumen en ingles
The emergence of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
has led to extra caution in workplaces to avoid the coronavirus disease 2019 (COVID-19).
In the occupational environment, SARS-CoV-2 testing is a powerful approach in providing
valuable information to detect, monitor, and mitigate the spread of the virus and preserve
productivity. Here a centralized Occupational Health Center providedmolecular diagnosis
and genomic sequences for companies and industries in Rio de Janeiro, Brazil. From
May to August 2021, around 20% of the SARS-CoV-2 positive nasopharyngeal swabs
from routinely tested workers were sequenced and reproduced the replacement of
Gamma with Delta variant observed in regular surveillance programs. Moreover, as
a proof-of-concept on the sensibility of the occupational health genomic surveillance
program described here, it was also found: i) the primo-identification of B.1.139 and
A.2.5 viral genomes in Brazil and ii) an improved dating of Delta VoC evolution, by
identifying earlier cases associated with AY-related genomes. We interpret that SARS-
CoV-2 molecular testing of workers, independent of symptom presentation, provides an
earlier opportunity to identify variants. Thus, considering the continuous monitoring of
SARS-CoV-2 in workplaces, positive samples from occupation health programs should
be regarded as essential to improve the knowledge on virus genetic diversity and
VoC emergence.
Palabras clave en portugues
COVID-19SARS-CoV-2
Assistência médica ocupacional
Vigilância
Variantes de preocupação (VOCs)
Sequência molecular
Sequenciamento (NGS) de próxima geração (profundo)
Palabras clave en ingles
COVID-19SARS-CoV-2
Occupational medical care
Surveillance
Variants of concern (VOCs)
Molecular sequence
Next generation (deep) sequencing (NGS)
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