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Autor | Francisco Junior, Ronaldo da Silva | |
Autor | Temerozo, Jairo R. | |
Autor | Ferreira, Cristina dos Santos | |
Autor | Martins, Yasmmin | |
Autor | Souza, Thiago Moreno L. | |
Autor | Medina-Acosta, Enrique | |
Autor | Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro de | |
Fecha de acceso | 2023-04-23T22:47:27Z | |
Fecha de disponibilización | 2023-04-23T22:47:27Z | |
Fecha de publicación | 2023 | |
Referencia | FRANCISCO JUNIOR, Ronaldo da Silva et al. Differential haplotype expression in class I MHC genes during SARS-CoV-2 infection of human lung cell lines. Frontiers in Immunology, n.13:1101526, p. 1 - 16, Feb. 2023. | en_US |
ISSN | 1664-3224 | en_US |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/57916 | |
Idioma | eng | en_US |
Editor | Frontiers Media | en_US |
Derechos de autor | open access | |
Palabras clave en Portugués | COVID-19 | en_US |
Palabras clave en Portugués | Expressão do haplótipo | en_US |
Palabras clave en Portugués | Troca de alelos | en_US |
Palabras clave en Portugués | Alelos HLA | en_US |
Palabras clave en Portugués | RNA-Seq, | en_US |
Palabras clave en Portugués | SARS-CoV-2 | en_US |
Palabras clave en Portugués | Expressão específica de alelo | en_US |
Título | Differential haplotype expression in class I MHC genes during SARS-CoV-2 infection of human lung cell lines | en_US |
Tipo del documento | Article | en_US |
DOI | 10.3389/fimmu.2022.1101526 | |
Resumen en Inglés | Introduction: Cell entry of SARS-CoV-2 causes genome-wide disruption of the transcriptional profiles of genes and biological pathways involved in the pathogenesis of COVID-19. Expression allelic imbalance is characterized by a deviation from the Mendelian expected 1:1 expression ratio and is an important source of allele-specific heterogeneity. Expression allelic imbalance can be measured by allele-specific expression analysis (ASE) across heterozygous informative expressed single nucleotide variants (eSNVs). ASE reflects many regulatory biological phenomena that can be assessed by combining genome and transcriptome information. ASE contributes to the interindividual variability associated with the disease. We aim to estimate the transcriptome-wide impact of SARS-CoV-2 infection by analyzing eSNVs. Methods: We compared ASE profiles in the human lung cell lines Calu-3, A459, and H522 before and after infection with SARS-CoV-2 using RNA-Seq experiments. Results: We identified 34 differential ASE (DASE) sites in 13 genes (HLA-A, HLAB, HLA-C, BRD2, EHD2, GFM2, GSPT1, HAVCR1, MAT2A, NQO2, SUPT6H, TNFRSF11A, UMPS), all of which are enriched in protein binding functions and play a role in COVID-19. Most DASE sites were assigned to the MHC class I locus and were predominantly upregulated upon infection. DASE sites in the MHC class I locus also occur in iPSC-derived airway epithelium basal cells infected with SARS-CoV-2. Using an RNA-Seq haplotype reconstruction approach, we found DASE sites and adjacent eSNVs in phase (i.e., predicted on the same DNA strand), demonstrating differential haplotype expression upon infection. We found a bias towards the expression of the HLA alleles with a higher binding affinity to SARS-CoV-2 epitopes. Discussion: Independent of gene expression compensation, SARS-CoV-2 infection of human lung cell lines induces transcriptional allelic switching at the MHC loci. This suggests a response mechanism to SARS-CoV-2 infection that swaps HLA alleles with poor epitope binding affinity, an expectation supported by publicly available proteome data. | en_US |
Afiliación | Laboratório de Bioinformática (LABINFO), Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC/ MCTIC), Petrópolis, RJ, Brasil. | en_US |
Afiliación | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa sobre o Timo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Neuroimunomodulação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Afiliación | Laboratório de Bioinformática (LABINFO), Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC/ MCTIC), Petrópolis, RJ, Brasil. | en_US |
Afiliación | Instituto de Cálculo, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires (FCEyN-UBA), Buenos Aires, Argentina. | en_US |
Afiliación | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Imunofarmacologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Inovação em Doenças Negligenciadas Populações Negligenciadas. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde (CDTS). Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Afiliación | Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro (UENF). Centro de Biociências e Biotecnologia. Unidade de Identificação e Diagnóstico Molecular (NUDIM), Laboratório de Biotecnologia. Campos dos Goytacazes, RJ, Brasil. | en_US |
Afiliación | Laboratório de Bioinformática (LABINFO), Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC/ MCTIC), Petrópolis, RJ, Brasil. | en_US |
Palavras clave en Inglês | Allele-specific expression | en_US |
Palavras clave en Inglês | Allele swapping | en_US |
Palavras clave en Inglês | COVID-19 | en_US |
Palavras clave en Inglês | Haplotype expression | en_US |
Palavras clave en Inglês | HLA alleles | en_US |
Palavras clave en Inglês | RNA-Seq, | en_US |
Palavras clave en Inglês | SARS-CoV-2 | en_US |
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