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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60563
MONITORAMENTO DE PATÓGENOS EMERGENTES EM ÁGUAS RESIDUAIS E ECOSSISTEMAS AQUÁTICOS
Patógenos
SARS-CoV-2
Gripe Aviária
Vírus da Influenza A
Vírus da Influenza B
COVID-19
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract in Portuguese
As águas residuais e superficiais podem conter informações valiosas sobre a saúde e o comportamento de comunidades e ambientes, de um modo geral. Essas matrizes vêm sendo estudadas por meio da Wastewater Based Surveillance (WBS), uma ferramenta da vigilância em saúde eficiente no monitoramento de poluentes e patógenos, principalmente os disseminados pelas rotas oro-fecal e renal. Durante a pandemia de COVID-19 a WBS ganhou destaque como abordagem complementar à vigilância clínica, devido seu baixo custo e acurácia na detecção precoce da circulação do SARS-CoV-2, pois a disseminação viral inicia no período de incubação. A WBS vem sendo adotada desde meados de 1800 na detecção e vigilância de diversos outros patógenos, como poliovírus, vírus ebola e vírus dengue. Este estudo visa monitorar águas residuais e superficiais do Rio de Janeiro, no que se refere à circulação de SARS-CoV-2 (pós pandemia) e dos vírus da Influenza A e B, devido recentes surtos de gripe aviária relatados mundialmente. Os locais de coleta são: Lagoa Rodrigo de Freitas - LRF; Praia de Ipanema; Jardim de Alah; Estações de Tratamento de Efluente Hospitalar (entrada e saída); Estação de Tratamento de Efluente Misto (entrada e saída); Estação de Tratamento Industrial 1 (entrada e saída); Estação de Tratamento Industrial 2 (entrada e saída). Até o momento, foram coletadas 31 amostras que vêm sendo processados por: filtração em membrana 0,22µM, concentração de vírus com PEG 8000, extração de RNA, RT-qPCR dos genes E/N do SARS-CoV-2, M do Influenza A e NS do Influenza B, e sequenciamento genômico e análise em banco de dados das amostras positivas para SARS-CoV-2. Durante o período inicial, verificamos a necessidade de adaptar o protocolo convencional de sequenciamento de SARS-CoV-2 de origem clínica, para amostras ambientais. Até o momento, obtivemos sucesso na detecção e amplificação de fragmentos que compõem o genoma completo do COVID-19, a proteína Spike e um fragmento menor que inclui a área do Receptor Binding Domain (RBD). O sequenciamento de SARS-CoV-2 em amostras ambientais é desafiador por se tratar de uma matriz complexa, onde o patógeno está diluído e sofre ações de diversos agentes externos, químicos, físicos e biológicos, que danificam e fragmentam o seu material genético, o que dificulta sua detecção e caracterização. Neste cenário, buscamos estabelecer um protocolo de sequenciamento eficaz, que traga resultados consistentes capazes de diferenciar as variantes encontradas.
Keywords in Portuguese
Vigilância Epidemiológica baseada em Águas ResiduáriasPatógenos
SARS-CoV-2
Gripe Aviária
Vírus da Influenza A
Vírus da Influenza B
COVID-19
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