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DIFFERENTIAL TYPE-I INTERFERON RESPONSE IN BUFFY COAT TRANSCRIPTOME OF INDIVIDUALS INFECTED WITH SARS-COV-2 GAMMA AND DELTA VARIANTS
Gamma
SARS-CoV-2 variants
Innate immune system
Type-I interferon response
Viral evolution
Autor
Fonseca, Guilherme C. da
Cavalcante, Liliane T. F.
Brustolini, Otávio J.
Luz, Paula M.
Pires, Debora C.
Jalil, Emilia M.
Peixoto, Eduardo M.
Grinsztejn, Beatriz
Veloso, Valdiléa G.
Nazer, Sandro
Costa, Carlos A. M.
Villela, Daniel A. M.
Goedert, Guilherme T.
Santos, Cleber V. B. D.
Rodrigues, Nadia C. P.
Motta, Fernando do Couto
Siqueira, Marilda Mendonça
Coelho, Lara E.
Struchiner, Claudio J.
Vasconcelos, Ana Tereza R.
Cavalcante, Liliane T. F.
Brustolini, Otávio J.
Luz, Paula M.
Pires, Debora C.
Jalil, Emilia M.
Peixoto, Eduardo M.
Grinsztejn, Beatriz
Veloso, Valdiléa G.
Nazer, Sandro
Costa, Carlos A. M.
Villela, Daniel A. M.
Goedert, Guilherme T.
Santos, Cleber V. B. D.
Rodrigues, Nadia C. P.
Motta, Fernando do Couto
Siqueira, Marilda Mendonça
Coelho, Lara E.
Struchiner, Claudio J.
Vasconcelos, Ana Tereza R.
Afiliación
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Getúlio Vargas. Escola de Matemática Aplicada. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Medicina Social Hesio Cordeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Medicina Social Hesio Cordeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Getúlio Vargas. Escola de Matemática Aplicada. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Getúlio Vargas. Escola de Matemática Aplicada. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Medicina Social Hesio Cordeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Instituto de Medicina Social Hesio Cordeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Getúlio Vargas. Escola de Matemática Aplicada. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brazil.
Resumen en ingles
The innate immune system is the first line of defense against pathogens such as the acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The type I-interferon (IFN) response activation during the initial steps of infection is essential to prevent viral replication and tissue damage. SARS-CoV and SARS-CoV-2 can inhibit this activation, and individuals with a dysregulated IFN-I response are more likely to develop severe disease. Several mutations in different variants of SARS-CoV-2 have shown the potential to interfere with the immune system. Here, we evaluated the buffy coat transcriptome of individuals infected with Gamma or Delta variants of SARS-CoV-2. The Delta transcriptome presents more genes enriched in the innate immune response and Gamma in the adaptive immune response. Interactome and enriched promoter analysis showed that Delta could activate the INF-I response more effectively than Gamma. Two mutations in the N protein and one in the nsp6 protein found exclusively in Gamma have already been described as inhibitors of the interferon response pathway. This indicates that the Gamma variant evolved to evade the IFN-I response. Accordingly, in this work, we showed one of the mechanisms that variants of SARS-CoV-2 can use to avoid or interfere with the host Immune system.
Palabras clave en ingles
DeltaGamma
SARS-CoV-2 variants
Innate immune system
Type-I interferon response
Viral evolution
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