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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/62101
INVESTIGAÇÃO DAS VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO (VOCS) DO SARS-COV-2 POR ENSAIO DISCRIMINATÓRIO DE RT-QPCR EM SALVADOR, BAHIA
Macêdo, Yasmin Santos Freitas | Date Issued:
2022
Alternative title
Investigation of variants of concern (VOCs) of SARS-CoV-2 BY RT-qPCR discriminatory test in Salvador, BahiaAdvisor
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Abstract in Portuguese
INTRODUÇÃO: A doença do coronavírus 2019 (COVID-19), responsável pela pandemia, possui no Brasil uma incidência de mais de 14 mil casos/100.000 habitantes e mortalidade de 2,2%, provando ser um grande problema de saúde pública. A identificação de VOCs tradicionalmente exige o sequenciamento genômico do vírus, limitando o número de amostras que podem ser processadas. Em Salvador, Bahia, ainda existem poucos dados a respeito da circulação das variantes de preocupação (VOCs) disponíveis e a realização de mais estudos com métodos de maior capacidade de processamento se fazem necessários. OBJETIVO: O presente projeto tem como propósito utilizar um método de identificação de VOCs por RT-qPCR para investigar sua circulação na cidade de Salvador, caracterizando o período de introdução e a velocidade de crescimento de frequência na população amostrada. METODOLOGIA: Amostras do biorrepositório da Plataforma de Vigilância Molecular FIOCRUZ-IGM, coletadas a partir de dezembro de 2020 a fevereiro de 2022, via swabs nasofaríngeos, foram analisadas por ensaio discriminatório de RT-qPCR que dispõe de primers e sondas específicos às regiões deletadas dos genomas das VOCs Alfa, Beta, Gama e Ômicron. RESULTADOS: Cerca de 900 amostras previamente positivas para o vírus SARS- CoV-2 foram localizadas no biorrepositório da Plataforma de Vigilância do IGM e testadas a partir de ensaio molecular com 94% de sensibilidade 95% de especificidade e 98% de acurácia a fim da verificação de suas linhagens. Das amostras encontradas 628 apresentaram resultados validos onde a sugestão da presença de VOC’s foi verificada em 84% delas. A VOC Gama foi a linhagem mais frequente entre os testes representando 74% do total de amostras validas seguida das linhagens não-VOC (17%) e da VOC Ômicron (9%) Indivíduos do sexo feminino e com idade entre 40-44 demonstraram-se predominantes dentre os testes realizados entre dezembro de 2020 e fevereiro de 2022 na cidade de Salvador. CONCLUSÃO: Mostramos aqui a validade de métodos alternativos de rastreio de novas variantes do SARS-CoV-2, que podem ser aplicados complementarmente ao sequenciamento genético e auxiliar nas tomadas de decisões relativos a medidas de contenção da pandemia
Abstract
INTRODUCTION: The coronavirus disease 2019 (COVID-19), responsible for the pandemic, has an incidence of more than 14,000 cases/100,000 inhabitants in Brazil and a mortality rate of 2.2%, proving to be a major public health problem. Identification of VOCs has traditionally required genomic sequencing of the virus, limiting the number of samples that can be processed. In Salvador, Bahia, there are still few data regarding the circulation of variants of concern (VOCs) available and further studies with methods with greater processing capacity are needed. OBJECTIVE: The purpose of this project is to use a method for identifying VOCs by RT-qPCR to investigate their circulation in the city of Salvador, characterizing the period of introduction and the speed of frequency growth in the sampled population. METHODOLOGY: Samples from the FIOCRUZ-IGM Molecular Surveillance Platform biorepository, collected from December 2020 to February 2022, via nasopharyngeal swabs, were analyzed using a discriminatory RT-qPCR assay, which uses primers and probes specific to the deleted regions of the genomes of Alpha, Beta, Gamma and Omicron VOCs. RESULTS: About 900 samples previously positive for the SARS-CoV-2 virus were located in the biorepository of the IGM Surveillance Platform and tested using a molecular assay with 94% sensitivity, 95% specificity and 98% accuracy in order to verification of their lineages. Of the samples found, 628 presented valid results where the suggestion of the presence of VOC's was verified in 84% of them. VOC Gamma was the most frequent strain among the tests, representing 74% of the total valid samples, followed by non-VOC strains (17%) and VOC Ômicron (9%) Female individuals aged between 40-44 were predominant among the tests carried out between December 2020 and February 2022 in the city of Salvador. CONCLUSION: We show here the validity of alternative methods for screening new variants of SARS-CoV-2, which can be applied in addition to genetic sequencing and help in decision-making regarding measures to contain the pandemic
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