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A Fiocruz Brasília tem suas atividades norteadas por um conjunto de três eixos de atuação: 

Integração - busca promover a articulação e a integração entre as unidades regionais da Fiocruz distribuídas pelo País, e também entre toda a instituição e órgãos ligados aos três Poderes da União (Executivo, Legislativo e Judiciário), e representações de entidades nacionais e internacionais ligados à saúde;

Inteligência - implementa ações e medidas para subsidiar todo o conjunto Fiocruz (e seus parceiros) de informações estratégicas para a tomada de decisão;

Formação - conduzido pela Escola Fiocruz de Governo (EFG), juntamente com a Universidade Aberta do SUS (UNA-SUS), busca atender a demanda por capacitação e aperfeiçoamento dos trabalhadores ligados à saúde, majoritariamente no âmbito federal. Diversos cursos de pós-graduação, nas modalidades Atualização, Aperfeiçoamento, Especialização e Mestrado são promovidos em articulação com outras unidades da Fiocruz e com parceiros externos.

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