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PROJETO E IMPLEMENTAÇÃO DE UMA FERRAMENTA PARA O ESCALONAMENTO DE PROCESSOS E ACESSO AOS DADOS BIOLÓGICOS
Título alternativo
BioProvider implementation issues: a nonintrusive tool for process scheduling and biological data accessAutor(es)
Afiliação
Resumo
Este trabalho discute o projeto e implementação de uma ferramenta que provê dados voltados para programas de Bioinformática, denominada BioProvider. A ferramenta utiliza políticas ad-hoc de gerenciamento de buffer que lidam com dados de seqüências muito grandes e possibilita o controle do escalonamento de processos. Foi usada uma abordagem não intrusiva para viabilizar a utilização da ferramenta com os programas aplicativos de uso corrente pelos usuários. Neste trabalho, BioProvider foi instanciada para funcionar com o programa BLAST de comparações de seqüências.
Resumo em Inglês
This work discusses the implementation of BioProvider, a tool that efficiently provides data for biological applications. It uses ad-hoc buffer management policies and specific process scheduling control to deal with very large sequence data. We explain how to consider a non-intrusive approach in order to encourage the use of BioProvider in a transparent way while keeping the original applications unchanged. The first instantiation of BioProvider is tailored to BLAST, the most popular sequence comparison program.
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