Please use this identifier to cite or link to this item:
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/20859
VARIAÇÕES NAS REGIÕES 5’ NÃO TRADUZIDA E NA PROTEÍNA NÃO ESTRUTURAL NS5A DO VÍRUS DA HEPATITE C EM PACIENTES INFECTADOS COM O GENÓTIPO 1
Gomes, Flávio Marcos | Date Issued:
2008
Author
Advisor
Comittee Member
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Abstract in Portuguese
Embora exibindo considerável variabilidade genética, a região 5' não codificante (5' RNC) do genoma viral é relativamente bem conservada entre todos os genótipos. Existem evidências da presença nestes domínios de um sítio de entrada interno do ribossomo (IRES) que permite a tradução cap-independente do RNA viral. A variabilidade na região da proteína não estrutural NS5A, designada “Região Determinante da Suscetibilidade ao Interferon” (ISDR), foi associada à resistência ou sensibilidade a terapia com interferon-α. A partir das seqüências obtidas, foram realizadas predições da estrutura secundária da 5' RNC pelos programas RNAfold, RNApdist e RNAshapes. Também foram realizados experimentos de transfecção in vivo a fim de testar a funcionalidade da 5' RNC. A correlação entre variações nas regiões 5'
NRC e NS5A e resposta terapêutica, entre os grupos não respondedores e
respondedores (NR e R) foram realizadas através de parâmetros de genética molecular. A Energia Livre Mínima (ELM) calculada através do RNAfold sofreu maior influência da posição do que com o número de substituições. Os resultados do RNAshapes mostraram diferenças na probabilidade de predição das shapes, reforçando a idéia de que as
substituições alteram a estrutura secundária. Os resultados do RNApdist também mostraram que algumas substituições tem um impacto sobre a predição da estrutura secundária. A heterogeneidade da seqüência da 5' RNC conduziu importantes alterações na eficiência de tradução, implicando que as interações entre o RNA e fatores de
tradução podem variar de acordo com o tipo de células. As regiões 5' RNC e NS5A apresentaram baixa variabilidade genética. Apenas a 5' RNC
apresentou desvio da neutralidade e significativa variabilidade molecular nos dois grupos estudados (NR e R). A análise filogenética mostrou nenhuma correlação entre variações na seqüência e a resposta terapêutica.
Abstract
Although displaying considerable genetic variability, the viral genomic 5' noncoding region (5' NCR) is relatively well conserved among all HCV genotypes. There are some evidences of the presence of internal ribosome entry site (IRES) in the 5' NCR domains, allowing a cap-independent RNA translation mechanism in this virus. The variability in the non-structural 5A protein (NS5A) also called Interferon Sensitivity-Determining Region (ISDR), is linked to resistance and sensibility to interferon-α based therapy. From of the HCV sequences obtained and using RNAfold, RNAshapes and RNApdist programs, the secondary structure of the 5' NCR was predicted. To test the 5' NCR functionality, in vivo transfection experiments were conducted. The correlation between sequence variations in 5' NCR and NS5A regions and therapeutic response, from two groups of patient’s non-responders (NR) and responders (R), were carried out using molecular genetic parameters. The minimal free energy (MFE) calculated using RNAfold showed correlations with substitution position but not with its amount. Concerning to RNAshapes, it could be observed differences on the probabilities of the predicted shapes, reinforcing that substitutions should alter the secondary structures. The RNApdist results also indicate that some sets of substitutions have impact on the
prediction secondary structure. Sequence heterogeneity on 5' NCR led to important changes in their translation efficiency, implying that interac
tions between RNA and transacting factors may vary according to cell type. The 5' NCR as well as the NS5A region showed low genetic variability. The 5' NCR showed deviations of neutrality and significant molecular variability in both patients groups (NR and R). Phylogenetic analysis showed no correlation between sequence variations and therapeutic responses.
Share