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Title: Utilização de RNAs não codificadores pequenos na distinção de amostras humanas de câncer de pulmão e de células do sangue
Advisor: Passetti, Fabio
Authors: Jorge, Natasha Andressa Nogueira
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract: Os RNAs não codificadores pequenos, como piRNAs, snoRNAs e miRNAs, atuam em diversas etapas do metabolismo celular, participando de processos como controle da expressão gênica, metilação e pseudouridilação de rRNAs e diferenciação celular. Neste trabalho, utilizamos dados públicos de sequenciamento de alta vazão de RNAs pequenos para avaliar a importância de RNAs não codificadores pequenos na biologia das células sadias e de neoplasia maligna. Na primeira análise, utilizamos dados de amostras normais e tumorais de pacientes de adenocarcinoma de pulmão obtidos no banco de dados do TCGA. Estas amostras foram utilizadas para avaliar o perfil de expressão de snoRNAs e piRNAs. Nesta análise, revelamos que o fumo inibe diversos snoRNAs relacionados à manutenção celular e promove a expressão de outros snoRNAs também encontrados mais expressos em diversos tumores, alterando, assim, o perfil de expressão de células normais para um que se assemelha mais a tumores. Também monstramos que os tumores de pulmão de não fumantes e fumantes são bastante heterogêneos e aconselhamos que sejam estudados separadamente Nesta mesma análise, apontamos também snoRNAs cuja expressão não se altera em nenhuma das condições avaliadas, podendo assim serem usados como parâmetro para normalização de experimentos de biologia molecular. A segunda análise envolve a identificação de miRNAs diferencialmente expressos entre linfócitos T CD4 virgens, megacariócitos, eritroblatos, neutrófilos, monócitos e macrófagos M1 e M2 do projeto Blueprint. Nesta etapa, além de identificar os miRNAs, utilizamos dados de sequenciamento de alta vazão de mRNAs e um banco de dados de alvos validados para identificar as vias metabólicas inibidas por miRNAs durante o processo de diferenciação destes tipos celulares. Esta análise corrobora dados da literatura do papel de miRNAs no processo de diferenciação e ativação de diversas células da linhagem hematopoética. Em conjunto, as duas análises reforçam o papel dos RNAs não codificadores na manutenção do metabolismo celular
Abstract: The small non-coding RNAs, such as piRNAs, snoRNAs and miRNAs act at several stages of cellular metabolism, participating in processes such as gene expression control, molecule modification and cell differentiation. In this work, we used public high-throughput sequencing data of small RNAs to evaluate the importance of small non-coding RNAs in in healthy cell and malignant neoplasm biology. In the first analysis, we used data from normal and tumor samples from lung adenocarcinoma patients obtained from the TCGA database. These samples were used to evaluate the expression profile of snoRNAs and piRNAs. In this analysis, we have shown that smoking inhibits several snoRNAs related to cell maintenance and promotes the expression of other snoRNAs also found to be more expressed in several tumors, thereby altering the expression profile of normal cells towards one that resembles more tumors cells. We have also demonstrated that lung tumors of nonsmokers and smokers are quite heterogeneous and should be studied separately. In this same analysis, we also point out snoRNAs whose expression does not change in any of the cellular types evaluated, and can thus be used as a parameter for quantification in molecular biology experiments The second analysis involves the identification of differentially expressed miRNAs between lymphocytes T CD4 naive, megakaryocytes, erythrocytes, neutrophils, monocytes, and macrophages M1 and M2 from the Blueprint project. In this step, in addition to identifying altered miRNAs, we used high-throughput sequencing data from mRNAs and a database of validated targets to identify metabolic pathways inhibited by miRNAs during the differentiation process of these cell types. This analysis corroborates data from the literature on the role of miRNAs in the process of differentiation and activation of several cells of the hematopoietic lineage. Together, the two analyzes reinforce the role of non-coding RNAs in the maintenance of cellular metabolism
keywords: RNA Nucleolar Pequeno
Tabagismo
Hematopoese
DeCS: RNA Interferente Pequeno
Issue Date: 2017
Citation: JORGE, Natasha Andressa Nogueira. Utilização de RNAs não codificadores pequenos na distinção de amostras humanas de câncer de pulmão e de células do sangue. 2017. 157 f. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas)-Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2017.
Date of defense: 2017
Place of defense: Rio de Janeiro
Department: Instituto Oswaldo Cruz
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBCS - Teses de Doutorado

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