| Author | Xavier, Joilson | |
| Author | Giovanetti, Marta | |
| Author | Fonseca, Vagner | |
| Author | Thézé, Julien | |
| Author | Gräf, Tiago | |
| Author | Fabri, Allison | |
| Author | Jesus, Jaqueline Goes de | |
| Author | Mendonça, Marcos Cesar Lima de | |
| Author | Rodrigues, Cintia Damasceno dos Santos | |
| Author | Mares-Guia, Maria Angélica | |
| Author | Santos, Carolina Cardoso dos | |
| Author | Tosta, Stephane Fraga de Oliveira | |
| Author | Candido, Darlan | |
| Author | Nogueira, Rita Maria Ribeiro | |
| Author | Abreu, Andre Luiz de | |
| Author | Oliveira, Wanderson Kleber | |
| Author | Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e | |
| Author | Chieppe, Alexandre | |
| Author | Oliveira, Tulio de | |
| Author | Brasil, Patrícia | |
| Author | Calvet, Guilherme | |
| Author | Sequeira, Patrícia Carvalho | |
| Author | Faria, Nuno Rodrigues | |
| Author | Filippis, Ana Maria Bispo de | |
| Author | Alcantara, Luiz Carlos Junior | |
| Access date | 2019-07-04T12:53:41Z | |
| Available date | 2019-07-04T12:53:41Z | |
| Document date | 2019 | |
| Citation | XAVIER, Joilson et al. Circulation of chikungunya virus East/Central/ South African lineage in Rio de Janeiro, Brazil. PLoS ONE, p. 1-14, 11 June 2019. | pt_BR |
| ISSN | 1932-6203 | pt_BR |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/33831 | |
| Language | eng | pt_BR |
| Publisher | Public Library of Science | pt_BR |
| Rights | open access | |
| Title | Circulation of chikungunya virus East/Central/South African lineage in Rio de Janeiro, Brazil | en_US |
| Type | Article | |
| DOI | 10.1371/journal.pone.0217871 | pt_BR |
| Abstract | The emergence of chikungunya virus (CHIKV) has raised serious concerns due to the virus' rapid dissemination into new geographic areas and the clinical features associated with infection. To better understand CHIKV dynamics in Rio de Janeiro, we generated 11 near-complete genomes by means of real-time portable nanopore sequencing of virus isolates obtained directly from clinical samples. To better understand CHIKV dynamics in Rio de Janeiro, we generated 11 near-complete genomes by means of real-time portable nanopore sequencing of virus isolates obtained directly from clinical samples. Our phylogenetic reconstructions indicated the circulation of the East-Central-South-African (ECSA) lineage in Rio de Janeiro. Time-measured phylogenetic analysis combined with CHIKV notified case numbers revealed the ECSA lineage was introduced in Rio de Janeiro around June 2015 (95% Bayesian credible interval: May to July 2015) indicating the virus was circulating unnoticed for 5 months before the first reports of CHIKV autochthonous transmissions in Rio de Janeiro, in November 2015. These findings reinforce that continued genomic surveillance strategies are needed to assist in the monitoring and understanding of arbovirus epidemics, which might help to attenuate public health impact of infectious diseases. | en |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa. | pt_BR |
| Affilliation | University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Superintendência de Vigilância do Estado. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | pt_BR |
| Subject | Chikungunya virus | en |
| Subject | East-Central-South-African lineage | en |
| Subject | Rio de Janeiro | en |
| Subject | Infection | en |
| Subject | Transmission | en |
| Subject | Public health | en |
| Subject | Humans | en |
| Subject | Brazil | en |
| e-ISSN | 1932-6203 | pt_BR |
| xmlui.metadata.dc.subject.ods | 03 Saúde e Bem-Estar | |
