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Sustainable Development Goals
13 Ação contra a mudança global do climaCollections
- IOC - Artigos de Periódicos [12878]
Metadata
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PERSONALIZED DIAGNOSIS BY CACHED SOLUTIONS WITH HYPERTENSION AS A STUDY MODEL
Hipertensão essencial
Riscos ambientais
Máquinas de vetores de suporte
Seleção de recursos
Essential hypertension
Environmental risks
Support vector machines
Feature selection
Author
Affilliation
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Genética Humana. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Juiz de Fora. Departamento de Ciência da Computação. Juiz de Fora, MG, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho. Laboratório do Controle da Expressão Gênica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Genética Humana. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Genética Humana. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Genética Humana. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Instituto Nacional de Cardiologia. Laranjeiras, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Juiz de Fora. Departamento de Ciência da Computação. Juiz de Fora, MG, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho. Laboratório do Controle da Expressão Gênica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Departamento de Genética Humana. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Genética Humana. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Statistical modeling of links between genetic profiles with environmental and clinical data to aid in medical diagnosis is a challenge. Here, we present a computational approach for rapidly selecting important clinical data to assist in medical decisions based on personalized genetic profiles. What could take hours or days of computing is available on-the-fly, making this strategy feasible to implement as a routine without demanding great computing power. The key to rapidly obtaining an optimal/nearly optimal mathematical function that can evaluate the disease stage” by combining information of genetic profiles with personal clinical data is done by querying a precomputed solution database. The database is previously generated by a new hybrid feature selection method that makes use of support vector machines, recursive feature elimination and random sub-space search. Here, to evaluate the method, data from polymorphisms in the renin-angiotensin-aldosterone system genes together with clinical data were obtained from patients with hypertension and control subjects. The disease “risk” was determined by classifying the patients’ data with a support vector machine model based on the optimized feature; then measuring the Euclidean distance to the hyperplane decision function. Our results showed the association of reninangiotensin-aldosterone system gene haplotypes with hypertension. The association of polymorphism patterns with different ethnic groups was also tracked by the feature selection process. A demonstration of this method is also available online on the project’s web site.
Keywords in Portuguese
Polimorfismos genéticosHipertensão essencial
Riscos ambientais
Máquinas de vetores de suporte
Seleção de recursos
Keywords
Genetic polymorphismsEssential hypertension
Environmental risks
Support vector machines
Feature selection
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