Author
Affilliation
Abstract
Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses.
Publisher
Nature Research
Citation
ADELINO, Talita Émile Ribeiro et al. Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of Dengue virus in Brazil. Nature Communications, v. 12, n. 2296, 16 Apr. 2021.
DOI
10.1038/s41467-021-22607-0
ISSN
2041-1723
Notes
Talita Émile Ribeiro Adelino (Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil); Marta Giovanetti (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Vagner Fonseca (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Joilson Xavier (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Álvaro Salgado de Abreu (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Valdinete Alves do Nascimento (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil); Luiz Henrique Ferraz Demarchi (Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil); Marluce Aparecida Assunção Oliveira (Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil); Vinícius Lemes da Silva (Laboratório de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brasil); Arabela Leal e Silva de Mello (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil); Gabriel Muricy Cunha (Governo do Estado. Secretaria da Saúde. Salvador, BA, Brasil); Roselene Hans Santos (Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brasil); Elaine Cristina de Oliveira (Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil); Jorge Antônio Chamon Júnior (Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brasil); Felipe Campos de Melo Iani (Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil); Ana Maria Bispo de Filippis (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); André Luiz de Abreu (Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil); Ronaldo de Jesus (Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil); Carlos Frederico Campelo de Albuquerque (Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasília / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Jairo Mendez Rico (Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasília / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Rodrigo Fabiano do Carmo Said (Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasília / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Joscélio Aguiar Silva (Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil / Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Noely Fabiana Oliveira de Moura (Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil / Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Priscila Leite (Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil / Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Lívia Carla Vinhal Frutuoso (Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil / Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Simone Kashima Haddad (Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil); Alexander Martínez (Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Este, Panama); Fernanda Khouri Barreto (Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brasil); Cynthia Carolina Vazquez (Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay); Rivaldo Venâncio da Cunha (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Emerson Luiz Lima Araújo (Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil); Stephane Fraga de Oliveira Tosta (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Allison de Araújo Fabri (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Flávia Löwen Levy Chalhoub (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Poliana da Silva Lemos (Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil); Fernanda de Bruycker-Nogueira (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Gislene Garcia de Castro Lichs (Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil); Marina Castilhos Souza Umaki Zardin (Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil); Fátima María Cardozo Segovia (Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay); Crhistinne Cavalheiro Maymone Gonçalves (Governo do Estado. Secretaria de Estado de Saúde. Campo Grande, MS, Brasil); Zoraida Del Carmen Fernandez Grillo (Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil); Svetoslav Nanev Slavov (Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil); Luiz Augusto Pereira (Laboratório de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brasil); Ana Flávia Mendonça (Laboratório de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brasil); Felicidade Mota Pereira (Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil); Jurandy Júnior Ferraz de Magalhães (Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brasil); Agenor de Castro Moreira dos Santos Júnior (Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brasil); Maricélia Maia de Lima (Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil); Rita Maria Ribeiro Nogueira (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil); Aristóteles Góes-Neto (Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brasil); Vasco Ariston de Carvalho Azevedo (Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brasil); Dario Brock Ramalho (Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil); Wanderson Kleber Oliveira (Ministério da Defesa. Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brasil); Eduardo Marques Macario (Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil / Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Arnaldo Correia de Medeiros (Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil / Ministério da Saúde. Brasília, DF, Brasil); Victor Pimentel (Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal); Edward C. Holmes (University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia); Tulio de Oliveira (University of KwaZulu-Natal College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa); José Lourenço (University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, United Kingdom); Luiz Carlos Junior Alcantara (Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil).
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