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ASSESSMENT OF CRASSPHAGE AS A BIOLOGICAL VARIABLE FOR SARS-COV-2 DATA NORMALIZATION IN WASTEWATER SURVEILLANCE
Produção científica do Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais.
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca. Departamento de Saneamento e Saúde Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Tecnologia. Escola de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Tecnologia. Escola de Química. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Aims: This study aimed to assess the use of cross-assembled phage (crAssphage) as an endogenous control employing a multivariate normalization analysis and its application as a severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) data normalizer. Methods and Results: A total of 188 twelve-hour composite raw sewage samples were obtained from eight wastewater treatment plants (WWTP) during a 1-year monitoring period. Employing the N1 and N2 target regions, SARS-CoV-2 RNA was detected in 94% (177) and 90% (170) of the samples, respectively, with a global median of 5 log₁₀ genomic copies per liter (GC l‾¹). CrAssphage was detected in 100% of the samples, ranging from 8.29 to 10.43 log₁₀ GC l‾¹, with a median of 9.46 ± 0.40 log₁₀ GC l‾¹, presenting both spatial and temporal variabilities. Conclusions: Although SARS-CoV-2 data normalization employing crAssphage revealed a correlation with clinical cases occurring during the study period, crAssphage normalization by the flow per capita per day of each WWTP increased this correlation, corroborating the importance of normalizing wastewater surveillance data in disease trend monitoring.
Publisher
Oxford University PressApplied Microbiology International
Citation
RIBEIRO, André Vinicius Costa et al. Assessment of crAssphage as a biological variable for SARS-CoV-2 data normalization in wastewater surveillance. Journal of Applied Microbiology, v. 135, n. 7, p. 1-11, 16 July 2024.DOI
10.1093/jambio/lxae177ISSN
1364-5072Notes
Produção científica do Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental.Produção científica do Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais.
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