Advisor | Alcantara, Luiz Carlos Júnior | |
Author | Santos Junior, Joilson Xavier dos | |
Access date | 2019-05-21T13:53:20Z | |
Available date | 2019-05-21T13:53:20Z | |
Document date | 2019 | |
Citation | SANTOS JUNIOR, Joilson Xavier dos. Avaliação epidemiológica e genômica do vírus chikungunya circulante no Rio de Janeiro. 2019. 126 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) – Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz; Universidade Federal da Bahia, Salvador, 2019. | pt_BR |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/33156 | |
Abstract in Portuguese | A febre Chikungunya é uma doença autolimitada causada pelo vírus chikungunya (CHIKV), que é transmitido pela picada de mosquitos hematófagos infectados do gênero Aedes. A maioria dos indivíduos infectados apresentam sintomas dentro de 4 a 7 dias, como febre, exantema maculopapular, poliartralgia e mialgia. Os casos de chikungunya no Brasil são registrados desde que o vírus foi identificado pela primeira vez no país em 2014. Em 2018, o Brasil registrou 87.687 casos prováveis da doença, dos quais, 52.966 casos (60,4%) ocorreram apenas na região Sudeste. O estado do Rio de Janeiro experienciou uma grande epidemia causada pelo CHIKV em 2016, 18.516 casos prováveis. A emergência do CHIKV tem levantado preocupação devido à rápida disseminação do vírus em nova áreas geográficas e às características clínicas associadas à infecção. OBJETIVO: Diante do exposto, o objetivo deste estudo foi investigar a epidemiologia genômica do vírus chikungunya circulante no estado do Rio de Janeiro. MATERIAIS E MÉTODOS: Nós empregamos o método de sequenciamento por nanoporos, que permite a geração de muitos dados em poucas horas. RESULTADOS: Nós geramos com sucesso 11 sequências genômicas do CHIKV a partir de amostras de soro de pacientes sintomáticos residentes em sua maioria (n=6) no município do Rio de Janeiro. As cinco amostras restantes foram de pacientes residentes em quatro municípios vizinhos. As análises filogenéticas, empregando a abordagem do relógio molecular, revelaram que as cepas circulantes no Rio de Janeiro pertenciam ao genótipo africano ECSA e provavelmente este foi introduzido neste estado por volta de julho de 2014. Isto significa que o vírus circulou despercebidamente por 16 meses antes dos primeiros relatos oficias de transmissão autóctone no estado do Rio de Janeiro. CONCLUSÕES: Ambos os dados epidemiológicos e filogenéticos sugerem que as cepas da linhagem ECSA foram introduzidas no Rio de Janeiro a partir dos eventos de dispersão do CHIKV da região Nordeste para outras regiões do Brasil. | pt_BR |
Sponsorship | O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia. | pt_BR |
Language | por | pt_BR |
Publisher | Instituto Gonçalo Moniz | pt_BR |
Rights | open access | pt_BR |
Subject in Portuguese | Vírus Chikungunya | pt_BR |
Subject in Portuguese | Epidemiologia | pt_BR |
Subject in Portuguese | Sequenciamento de genoma | pt_BR |
Subject in Portuguese | Febre Chikungunya | pt_BR |
Subject in Portuguese | Brasil | pt_BR |
Title | Avaliação epidemiológica e genômica do vírus chikungunya circulante no Rio de Janeiro | pt_BR |
Type | Dissertation | pt_BR |
Defense date | 2019-02-25 | |
Departament | Coordenação de Ensino | pt_BR |
Defense Institution | Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz | pt_BR |
Degree level | Mestrado Acadêmico | pt_BR |
Place of Defense | Salvador/BA | pt_BR |
Program | Pós-Graduação em Patologia | pt_BR |
Co-Advisor | Giovanetti, Marta | |
Abstract | INTRODUCTION: Chikungunya fever is a self-limited disease caused by chikungunya virus (CHIKV), which is transmitted by the bite of infected hematophagous mosquitoes of the genus Aedes. Most infected individuals present symptoms within 4 to 7 days, such as fever, maculopapular rash, polyarthralgia and myalgia. Cases of chikungunya in Brazil are recorded since the virus was first identified in the country in 2014. In 2018, Brazil reported 87,687 probable cases of the disease, of which 52,966 cases (60.4%) occurred in the Southeast region only. The state of Rio de Janeiro experienced a major epidemic caused by CHIKV in 2016, reporting 18,516 probable cases. The emergence of CHIKV has raised concern due to the rapid spread of the virus into new geographic areas and the clinical features associated with the infection. OBJECTIVE: Thus, the objective of this study was to investigate the genomic epidemiology of chikungunya virus circulating in the state of Rio de Janeiro. MATERIALS AND METHODS: We used the nanopore sequencing method that allows the generation of large amounts of data in a few hours. RESULTS: We successfully generated 11 CHIKV genomic sequences from serum samples from symptomatic patients residing mostly (n = 6) in the city of Rio de Janeiro. The remaining five samples were from patients residing in four neighbouring municipalities. Phylogenetic analyses, using the molecular clock approach, revealed that the strains circulating in Rio de Janeiro belonged to the ECSA African genotype and this genotype was likely introduced in the state around July 2014. This means that the virus circulated unnoticed for 16 months before the first official reports of autochthonous transmission in the state of Rio de Janeiro. CONCLUSIONS: Both epidemiological and phylogenetic data suggest that strains from ECSA lineage were introduced into Rio de Janeiro from CHIKV dispersion events from Northeast region of Brazil to others Brazilian regions. | pt_BR |
Affilliation | Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
Subject | Chikungunya virus | pt_BR |
Subject | Genomic epidemiology | pt_BR |
Subject | Sequencing | pt_BR |
Subject | MinION | pt_BR |
Subject | Brazil | pt_BR |
Member of the board | Azevedo, Vasco Ariston de Carvalho | |
Member of the board | Siqueira, Isadora Cristina de | |
Member of the board | Alcantara, Luiz Carlos Júnior | |