Author | Sgorlon, Gabriella | |
Author | Queiroz, Jackson Alves da Silva | |
Author | Roca, Tárcio Peixoto | |
Author | Silva, Ana Maisa Passos da | |
Author | Gasparelo, Nadson Willian Felipe | |
Author | Teixeira, Karolaine Santos | |
Author | Oliveira, Andreia Souza da Nóbrega | |
Author | Mendonça, Aline Linhares Ferreira de Melo | |
Author | Maia, Adriana Cristina Salvador | |
Author | Pereira, Soraya dos Santos | |
Author | Batista, Flávia Serrano | |
Author | Salcedo, Juan Miguel Villalobos | |
Author | Rampazzo, Rita de Cassia Pontello | |
Author | Resende, Paola Cristina | |
Author | Siqueira, Marilda Mendonça | |
Author | Naveca, Felipe Gomes | |
Author | Vieira, Deusilene | |
Access date | 2023-02-07T13:54:43Z | |
Available date | 2023-02-07T13:54:43Z | |
Document date | 2022 | |
Citation | SGORLON, Gabriella et al. Clinical and epidemiological aspects of Delta and Gamma SARS-CoV-2 variant of concern from the western Brazilian Amazon. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, v. 117, e220155, p. 1-9, 2022. | en_US |
ISSN | 0074-0206 | en_US |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/56915 | |
Language | eng | en_US |
Publisher | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. | en_US |
Rights | open access | |
Subject in Portuguese | SARS CoV-2 | en_US |
Subject in Portuguese | Variante de preocupação | en_US |
Subject in Portuguese | Variante gama | en_US |
Subject in Portuguese | Delta | en_US |
Subject in Portuguese | Vigilância genômica | en_US |
Subject in Portuguese | COVID-19 | |
Title | Clinical and epidemiological aspects of Delta and Gamma SARS-CoV-2 variant of concern from the western Brazilian Amazon | en_US |
Type | Article | |
DOI | 10.1590/0074-02760220155 | |
Abstract | BACKGROUND The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants has become a major
concern contributing to increased morbidity and mortality worldwide.
OBJECTIVES Here we describe the replacement of the Gamma variant of concern (VOC) with Delta in the western Brazilian Amazon.
METHODS In this study, we analysed 540 SARS-CoV-2 positive samples determined by qualitative real-time RT-PCR selected in
the state of Rondônia between June and December 2021. The positive cohort was sequenced through next-generation sequencing
(NGS) and each sample was quantified using real-time RT-qPCR, the whole genome sequence was obtained, SARS-CoV-2 lineages
were classified using the system Pango and the maximum likelihood (ML) method was used to conduct phylogenetic analyses.
FINDINGS A total of 540 high-quality genomes were obtained, where the Delta VOC showed the highest prevalence making up
72%, with strain AY.43 being the most abundant, while the Gamma VOC was present in 28%, where the P.1 strain was the most
frequent. In this study population, only 32.96% (178/540) had completed the vaccination schedule.
MAIN CONCLUSIONS This study highlighted the presence of Gamma and Delta variants of SARS-CoV-2 in RO. Furthermore,
we observed the replacement of the Gamma VOC with the Delta VOC and its lineages. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Hepatites Virais, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Agência Estadual de Vigilância em Saúde de Rondônia, Coordenação Estadual da Covid-19. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Instituto de Biologia Molecular do Paraná, Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ. Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ. Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Virologia. Manaus, AM, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular, Porto Velho, RO, Brasil / Universidade Federal de Rondônia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Experimental. Porto Velho, RO, Brasil. | en_US |
Subject | SARS CoV-2 | en_US |
Subject | Variant of concern | en_US |
Subject | Gamma variant | en_US |
Subject | Delta | en_US |
Subject | Genomic surveillance | en_US |
Subject | COVID-19 | |