| Author | Lifschitz, Sérgio | |
| Access date | 2017-01-30T12:01:01Z | |
| Available date | 2017-01-30T12:01:01Z | |
| Document date | 2007 | |
| Citation | LIFSCHITZ, Sérgio. Projeto e implementação de uma ferramenta para o escalonamento de processos e acesso aos dados biológicos. RECIIS - Revista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 1, n. 2, p. Sup297-Sup303, 2007. | en_US |
| ISSN | 1981-6278 | |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17602 | |
| Abstract in Portuguese | Este trabalho discute o projeto e implementação de uma ferramenta que provê dados voltados para programas de Bioinformática, denominada BioProvider. A ferramenta utiliza políticas ad-hoc de gerenciamento de buffer que lidam com dados de seqüências muito grandes e possibilita o controle do escalonamento de processos. Foi usada uma abordagem não intrusiva para viabilizar a utilização da ferramenta com os programas aplicativos de uso corrente pelos usuários. Neste trabalho, BioProvider foi instanciada para funcionar com o programa BLAST de comparações de seqüências. | en_US |
| Language | por | en_US |
| Publisher | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Cientifica e Tecnológica em Saúde. | en_US |
| Rights | open access | en_US |
| Subject in Portuguese | Escalonamento de Processos | en_US |
| Subject in Portuguese | Dados Biológicos | en_US |
| Subject in Portuguese | Bioinformática | en_US |
| Subject in Portuguese | Bioprovider | en_US |
| Title | Projeto e implementação de uma ferramenta para o escalonamento de processos e acesso aos dados biológicos | en_US |
| Alternative title | BioProvider implementation issues: a nonintrusive tool for process scheduling and biological data access | en_US |
| Type | Article | en_US |
| DOI | 10.3395/reciis.v1i2.Sup.99pt | |
| Abstract | This work discusses the implementation of BioProvider, a tool that efficiently provides data for biological applications. It uses ad-hoc buffer management policies and specific process scheduling control to deal with very large sequence data. We explain how to consider a non-intrusive approach in order to encourage the use of BioProvider in a transparent way while keeping the original applications unchanged. The first instantiation of BioProvider is tailored to BLAST, the most popular sequence comparison program. | en_US |
| Affilliation | Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro. Centro Técnico Científico. Departamento de Informática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | |
| Affilliation | Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro. Centro Técnico Científico. Departamento de Informática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | |
| Subject | Process Scheduling | en_US |
| Subject | Biological Data Access | en_US |
| Subject | BioProvider | en_US |
| e-ISSN | 1981-6278 | |
