Caracterização genômica proviral, clínica e epidemiológica da infecção pelo linfotrópico de células T do tipo 1 (HTLV-1)

Abstract

O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1 foi o primeiro retrovírus humano isolado em 1980. Este agente etiológico está associado principalmente à paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV (TSP/HAM), à Leucemia/Linfoma de células T do Adulto (ATL) e à dermatite infecciosa associada ao HTLV-1 (DIH). Estima-se que 5 a 10 milhões de indivíduos estejam infectados pelo HTLV-1 em todo o mundo. Apesar da importância clínica e epidemiológica do HTLV-1, há um número limitado de genomas completos disponíveis, cerca de 0,12 genomas completos por 10.000 indivíduos infectados, somado à falta de estudos relacionados às sequências (totais e parciais) disponíveis nos bancos de dados públicos. Deste modo, este estudo foi dividido em três etapas: a primeira refere-se à avaliação do perfil e das informações disponíveis nas sequências publicadas mundialmente. Entre as sequências publicadas, 93% apresentaram informação sobre origem geográfica e apenas 39% informação sobre os perfis clínicos. Ficou clara a escassez destas informações, que são importantes para trabalhos envolvendo a diversidade viral, estudos clínicos e epidemiológicos. Estes resultados direcionaram a realização das etapas seguintes: (i) o desenvolvimento de um protocolo no formato de capítulo de livro, que ensina de forma didática os pesquisadores interessados nos estudos relacionados à epidemiologia molecular e genotipagem do HTLV-1, a ferramenta HTLV-1 Subtyping Tool e o HTLV-1 Molecular Epidemiology Database foram abordados neste capítulo. (ii) Na última etapa, foram gerados 31 genomas completos provenientes de indivíduos com diferentes perfis clínicos através da plataforma de sequenciamento Ion Torrent. Essas sequências foram montadas e analisadas, sendo todas pertencentes ao subtipo Cosmopolita, subgrupo transcontinental e na análise da distância genética, as sequências apresentaram uma baixa diversidade intra e intergrupos. Posteriormente, utilizamos o programa Geneious R6 para avaliar a região promotora viral quanto à identificação de sítios de ligação de fatores de transcrição. Identificamos duas mutações que levaram a perda do sítio de ligação do fator Sp1. O mesmo programa foi utilizado para identificar variantes nas regiões codificantes do genoma. Não foram encontradas associações entre as variantes e os diferentes perfis clínicos dos pacientes (TSP/HAM, DIH, ATL, Assintomáticos). A análise físico-química demostrou que uma mutação nos genes env e gag, resultou em sequências proteicas (gp46 e p19) com menor antigenicidade. Em contrapartida, uma mutação no gene gag resultou em uma maior antigenicidade em p24. Em relação a análise das modificações póstraducionais, identificou-se que pequeno número de mutações relacionadas a criação e/ou perda de sítios nos diferentes perfis clínicos, sem associação entre eles. Em uma segunda fase do estudo, buscamos as mutações encontradas nas sequências geradas, em sequências previamente publicadas no Genbank, corroborando com os dados anteriores, os resultados não mostraram significância estatística. Este estudo contribuiu para o aumento do número de genomas completos disponíveis. Além disso, para investigar melhor a contribuição das mutações do HTLV- 1 para o desfecho da doença é necessário avaliar a interação do genoma viral e as características do hospedeiro humano