Relação de Sub2 com diferentes maquinarias do metabolismo nuclear do RNA mensageiro

Abstract

A expressão gênica em eucariotos é regulada por diversos mecanismos, incluindo o controle do processamento do RNAm e a exportação do núcleo para o citoplasma. Entretanto, os componentes da via de exportação de RNA não são conservados em espécies divergentes e ainda são pouco compreendidos em tripanossomatídeos. Uma exceção é a proteína Sub2, uma proteína altamente conservada, que é um componente essencial para a exportação de RNAm em tripanossomatídeos. Estudos anteriores mostram que a depleção de Sub2 em Trypanosoma brucei causa o acúmulo do SL RNA e diminui a quantidade da estrutura em Y, subproduto do trans splicing, indicando que esta proteína pode estar relacionada com o processamento do pré-RNAm ou com a transcrição. Uma hipótese é que Sub2 é um componente da maquinaria de transcrição do pré-RNAm e a depleção de Sub2 afeta a síntese do pré-RNAm, causando o acúmulo do SL RNA. Por isso¸ o objetivo deste estudo foi avaliar a interação de Sub2 com diferentes vias do metabolismo nuclear do RNAm. Para avaliar a taxa de transcrição, estabelecemos uma metodologia baseada em fluorescência para quantificar o RNA nascente de forma acurada. Os dados mostram que o silenciamento de Sub2 não bloqueia a atividade da RNA polimerase II, indicando que o acúmulo do SL RNA é consequência da inibição de mecanismos pós-transcricionais. Além disso, Sub2 co-precipita com U2AF35, uma proteína essencial para as etapas iniciais do trans spliicing, apesar de outros componentes do spliceossomo não sereme identificados por proteômica. Sub2 também interage com proteínas relacionadas com o direcionamento ou controle de qualidade do RNAm e com proteínas hipotéticas conservadas exclusivamente em tripanossomatídeos/ kinetoplastídeos. Nossos resultados indicam que Sub2 acopla diferentes vias da biogênese do RNA no núcleo de tripanossomatídeos e provavelmente é um componente crucial dos mecanismos divergentes, os quais possuem novas proteínas relacionadas com o trans splicing e/ou a via de exportação de RNAm.