Estudo da diversidade genética de cepas de Leishmania (Viannia) braziliensis isoladas em regiões endêmicas no estado de Pernambuco, nordeste do Brasil

Abstract

Os genomas de cepas de Leishmania (Viannia) braziliensis isoladas em áreas de alta endemicidade para leishmaniose cutânea no nordeste do Brasil, anteriormente caracterizadas por MLEE em dez (10) zimodemas (Z26, Z27, Z45, Z72, Z73, Z74, Z75, Z78, Z105, Z106) foram sequenciados e analisados. O sequenciamento foi realizado na plataforma MiSeq / Illumina e os dados foram comparados contra o genoma da cepa de referência (L. braziliensis cepa 2904). A anotação da variabilidade encontrada foi feita utilizando o programa snpEFF v3.6 e o número de cópias para cada cromossomo foi estimado usando o ambiente de programação R. Uma análise filogenética foi realizada através das sequências de quatro enzimas metabólicas (ICD, 6PGDH, MPI e G6PDH) e da proteína de choque Hsp70. Sequências equivalentes de várias espécies de Leishmania do subgênero Viannia foram incluídas nesta análise. A profundidade média das sequências geradas variou aproximadamente de 6 a 30 vezes. Os isolados pertencentes aos zimodemas Z72, Z75, Z74 e Z106 foram distintamente agrupados e separados dos outros. Todos os dez isolados foram identificados como L. braziliensis, incluindo zimodema Z26, previamente classificado como Leishmania shawi. As comparações mitocondriais do DNA do minicírculo corroboraram para as conclusões filogenéticas, enquanto as sequências do maxicírculo conduziram a um perfil menos definido. Como resultado da análise de aneuploidia, o cromossomo 31 foi encontrado em três ou mais cópias em todos os isolados e a cepa Z27 apresentou cópias extras para seis outros cromossomos. Os isolados Z72 e Z75 foram caracterizados por uma heterozigosidade muito reduzida. Os achados obtidos no estudo são consistentes e demonstram a existência de pelo menos dois grupos evolutivos distintos na área restrita amostrada, e a grande diversidade genética da espécie L. braziliensis. Esses resultados sugerem a importância das características eco-epidemiológicas de onde essas cepas foram isoladas, as quais apresentam ciclo com transmissão peri doméstica e interface com ciclo enzoótico silvestre em remanescentes de Mata Atlântica primária.