Nota Técnica 2021/01 de 12 de janeiro de 2020. Rede Genômica Fiocruz: relação filogenética de sequências SARS-CoV-2 do Amazonas com variantes emergentes brasileiras que abrigam mutações E484K e N501Y na proteína Spike

Abstract

Relatamos uma análise genômica preliminar da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.28 que circula na região amazônica brasileira e sua relação evolutiva com variantes emergentes e potenciais variantes emergentes do SARS-CoV-2 no Brasil que abrigam mutações no domínio de ligação com receptor da proteína Spike (S). A análise filogenética de 69 genomas da linhagem B.1.1.28 isoladas no estado do Amazonas revelou a existência de dois clados principais que evoluíram localmente sem mutações incomuns na proteína S de abril a novembro de 2020. Os vírus B.1.1.28 abrigando mutações S: K417N, S: E484K e S: N501Y, recentemente detectados em viajantes japoneses retornando do Amazonas, ramificados dentro de um dos clados B.1.1.28 da Amazônia aqui identificados, sugerem que essas sequências poderiam ser representantes de um novo clado brasileiro emergente (não relatado), aqui designado B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y). Nossa análise também confirma que o novo clado putativo B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y) detectado em viajantes japoneses não evoluiu do clado B.1.1.28 (E484K) detectado recentemente no Rio de Janeiro e em outros estados brasileiros, mas ambas as variantes surgiram independentemente durante a evolução da linhagem B.1.1.28.