| Author | Dezordi, Filipe Zimmer | |
| Author | Resende, Paola Cristina | |
| Author | Naveca, Felipe Gomes | |
| Author | Nascimento, Valdinete Alves do | |
| Author | Souza, Victor Costa de | |
| Author | Paixão, Anna Carolina Dias | |
| Author | Appolinario, Luciana | |
| Author | Lopes, Renata Serrano | |
| Author | Mendonça, Ana Carolina da Fonseca | |
| Author | Rocha, Alice Sampaio Barreto da | |
| Author | Venas, Taina Moreira Martins | |
| Author | Pereira, Elisa Cavalcante | |
| Author | Paiva, Marcelo Henrique Santos | |
| Author | Docena, Cassia | |
| Author | Bezerra, Matheus Filgueira | |
| Author | Machado, Laís Ceschini | |
| Author | Salvato, Richard Steiner | |
| Author | Gregianini, Tatiana Schäffer | |
| Author | Martins, Leticia Garay | |
| Author | Pereira, Felicidade Mota | |
| Author | Rovaris, Darcita Buerger | |
| Author | Fernandes, Sandra Bianchini | |
| Author | Rodrigues, Rodrigo Ribeiro | |
| Author | Costa, Thais Oliveira | |
| Author | Sousa Jr., Joaquim Cesar | |
| Author | Miyajima, Fabio | |
| Author | Delatorre, Edson | |
| Author | Gräf, Tiago | |
| Author | Bello, Gonzalo | |
| Author | Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de | |
| Author | Wallau, Gabriel Luz | |
| Access date | 2022-03-21T14:23:31Z | |
| Available date | 2022-03-21T14:23:31Z | |
| Document date | 2022 | |
| Citation | DEZORDI, Filipe Zimmer et al. Unusual SARS-CoV- 2 intrahost diversity reveals lineage superinfection. Microbial Genomics, v. 8, 000751, p. 1-9, 2022. | pt_BR |
| ISSN | 2057-5858 | pt_BR |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/51766 | |
| Description | A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/ | |
| Sponsorship | Financial support was provided by FAPEAM (PCTIEmergeSaude/AM call 005/2020 and Rede Genômica de Vigilância em Saúde - REGESAM); Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações/Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq/Ministério da Saúde - MS/FNDCT/SCTIE/Decit (grants 402457/2020–9 and 403276/2020-9); FAPERJ (CNE E-203.074/2017 and E-26/210.196/2020) Inova Fiocruz/Fundação Oswaldo Cruz (Grants VPPCB-007-FIO-18-2-30 and VPPCB-005- FIO-20-2-87) and INCT-FCx (465259/2014-6). Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq (Covid 10 MCTI 402457/2020-0 and CNPQ BRICS STI 4441080/2020-0) This work was also supported by the Pan American Health Organization, Brazil Country Office and by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Finance Code 001. FGN, GLW, GB and MMS are supported by the CNPq through their productivity research fellowships (306146/2017-7, 303902/2019, 302317/2017-1, 313403/2018-0, respectively). | |
| Language | eng | pt_BR |
| Publisher | Microbiology Society | pt_BR |
| Previous version | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/52431 | |
| Rights | open access | |
| Subject in Portuguese | SARS-CoV- 2 | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Superinfecção de linhagem | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Incomum | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Diversidade | pt_BR |
| Title | Unusual SARS-CoV- 2 intrahost diversity reveals lineage superinfection | pt_BR |
| Type | Article | |
| DOI | 10.1099/mgen.0.000751 | |
| Abstract | Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV- 2) has infected almost 200 million people worldwide by July 2021 and the pandemic has been characterized by infection waves of viral lineages showing distinct fitness profiles. The simultaneous infection of a single individual by two distinct SARS-CoV- 2 lineages may impact COVID-19 disease progression and provides a window of opportunity for viral recombination and the emergence of new lineages with differential phenotype. Several hundred SARS-CoV- 2 lineages are currently well phylogenetically defined, but two main factors have precluded major coinfection/codetection and recombination analysis thus far: (i) the low diversity of SARS-CoV- 2 lineages during the first year of the pandemic, which limited the identification of lineage defining mutations necessary to distinguish coinfecting/recombining viral lineages; and the (ii) limited availability of raw sequencing data where abundance and distribution of intrasample/ intrahost variability can be accessed. Here, we assembled a large sequencing dataset from Brazilian samples covering a period of 18 May 2020 to 30 April 2021 and probed it for unexpected patterns of high intrasample/intrahost variability. This approach enabled us to detect nine cases of SARS-CoV- 2 coinfection with well characterized lineage-defining mutations, representing 0.61 % of all samples investigated. In addition, we matched these SARS-CoV- 2 coinfections with spatio-temporal epidemiological data confirming its plausibility with the cocirculating lineages at the timeframe investigated. Our data suggests that coinfection with distinct SARS-CoV- 2 lineages is a rare phenomenon, although it is certainly a lower bound estimate considering the difficulty to detect coinfections with very similar SARS-CoV- 2 lineages and the low number of samples sequenced from the total number of infections. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis. Manaus, AM, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis. Manaus, AM, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis. Manaus, AM, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataformas Tecnológicas. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbiologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública. Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública. Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo, Vitória, ES, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Epidemiologia Competência Analítica Molecular. Fortaleza, CE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Epidemiologia Competência Analítica Molecular. Fortaleza, CE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório de Epidemiologia Competência Analítica Molecular. Fortaleza, CE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Departamento de Biologia. Alegre, ES, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Subject | SARS-CoV- 2 | pt_BR |
| Subject | Unusual | pt_BR |
| Subject | Intrahost diversity | pt_BR |
| Subject | Lineage superinfection | pt_BR |
| xmlui.metadata.dc.subject.ods | 10 Redução das desigualdades | |
