| Author | Caruso, Icaro Putinhon | |
| Author | Almeida, Vitor dos Santos | |
| Author | Amaral, Mariana Juliani do | |
| Author | Andrade, Guilherme Caldas de | |
| Author | Araújo, Gabriela Rocha de | |
| Author | Araújo, Talita Stelling de | |
| Author | Azevedo, Jéssica Moreira de | |
| Author | Barbosa, Glauce Moreno | |
| Author | Bartkevihi, Leonardo | |
| Author | Bezerra, Peter Reis | |
| Author | Cabral, Katia Maria dos Santos | |
| Author | Lourenço, Isabella Otênio de | |
| Author | Malizia-Motta, Clara L. F. | |
| Author | Marques, Aline de Luna | |
| Author | Mebus-Antunes, Nathane Cunha | |
| Author | Neves-Martin, Thais Cristtina | |
| Author | Sá, Jéssica Maróstica de | |
| Author | Sanches, Karoline | |
| Author | Siilva, Marcos Caique Santana | |
| Author | Vasconcelos, Ariana Azevedo | |
| Author | Almeida, Marcius da Silva | |
| Author | Amorim, Gisele Cardoso de | |
| Author | Anobom, Cristiana Dinis | |
| Author | Da Poian, Andrea T. | |
| Author | Gomes Neto, Francisco | |
| Author | Pinheiro, Anderson S. | |
| Author | Almeida, Fabio C. L. | |
| Access date | 2022-05-10T15:35:01Z | |
| Available date | 2022-05-10T15:35:01Z | |
| Document date | 2022 | |
| Citation | CARUSO, Icaro Putinhon et al. Insights into the specificity for the interaction of the promiscuous SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal domain with deoxyribonucleic acids. International Journal of Biological Macromolecules, v. 203, p. 466-480, p. 1 - 16, Jan. 2022. | pt_BR |
| ISSN | 0141-8130 | pt_BR |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/52598 | |
| Language | eng | pt_BR |
| Publisher | Elsevier | pt_BR |
| Rights | open access | |
| Subject in Portuguese | Proteína do nucleocapsídeo SARS-CoV-2 | pt_BR |
| Subject in Portuguese | SARS-CoV-2 | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Proteína de ligação de DNA/RNA | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Especificidade de ligação | pt_BR |
| Title | Insights into the specificity for the interaction of the promiscuous SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal domain with deoxyribonucleic acids | pt_BR |
| Type | Article | |
| DOI | 10.1016/j.ijbiomac.2022.01.121 | |
| Abstract | The SARS-CoV-2 nucleocapsid protein (N) is a multifunctional promiscuous nucleic acid-binding protein, which
plays a major role in nucleocapsid assembly and discontinuous RNA transcription, facilitating the template
switch of transcriptional regulatory sequences (TRS). Here, we dissect the structural features of the N protein Nterminal
domain (N-NTD) and N-NTD plus the SR-rich motif (N-NTD-SR) upon binding to single and doublestranded
TRS DNA, as well as their activities for dsTRS melting and TRS-induced liquid-liquid phase separation
(LLPS). Our study gives insights on the specificity for N-NTD(-SR) interaction with TRS. We observed an
approximation of the triple-thymidine (TTT) motif of the TRS to β-sheet II, giving rise to an orientation difference
of ~25◦ between dsTRS and non-specific sequence (dsNS). It led to a local unfavorable energetic contribution
that might trigger the melting activity. The thermodynamic parameters of binding of ssTRSs and dsTRS suggested
that the duplex dissociation of the dsTRS in the binding cleft is entropically favorable. We showed a preference
for TRS in the formation of liquid condensates when compared to NS. Moreover, our results on DNA binding may
serve as a starting point for the design of inhibitors, including aptamers, against N, a possible therapeutic target
essential for the virus infectivity. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade do Estado de São Paulo. Departamento de Física. Centro Multiusuário de Inovação Biomolecular. São José do Rio Preto, SP, Brasil / Rio BioNMR Network. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Faculdade de Farmácia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro.. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro.. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro.. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro.. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro.. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Departamento de Física. Centro Multiusuário de Inovação Biomolecular. São José do Rio Preto, SP, Brasil / Rio BioNMR Network. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Campus Duque de Caxias. Centro Multidisciplinar de Pesquisa em Biologia. Duque de Caxias, RJ, Brasil./ Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Departamento de Física. Centro Multiusuário de Inovação Biomolecular. São José do Rio Preto, SP, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade do Estado de São Paulo. Departamento de Física. Centro Multiusuário de Inovação Biomolecular. São José do Rio Preto, SP, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Campus Duque de Caxias. Centro Multidisciplinar de Pesquisa em Biologia. Duque de Caxias, RJ, Brasil./ Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Bioquímica Avançada de Proteínas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro Multidisciplinar de Pesquisa em Biologia. Duque de Caxias, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Química. Departamento de Bioquímica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Bioquímica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. CENABIO. Centro Nacional de Ressonância Magnética Nuclear. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Rio BioNMR Network, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.. | pt_BR |
| Subject | SARS-CoV-2 nucleocapsid protein | pt_BR |
| Subject | DNA/RNA binding protein | pt_BR |
| Subject | Binding specificity | pt_BR |
| Subject | SARS-CoV-2 | pt_BR |
