Classificação taxonômica e análise genômica de isolados de Aeromonas spp

Abstract

A taxonomia do gênero Aeromonas é bastante complexa e tem sido submetida a várias revisões devido à descrição de novas espécies e à reclassificação de espécies previamente validadas. Há, atualmente, 36 espécies descritas para esse gênero. Em estudo prévio realizado por este grupo de pesquisas, foram obtidos 119 isolados de Aeromonas spp. durante em um surto de diarreia que ocorreu em 2004 no município de São Bento do Una, Pernambuco. Destes, dois isolados de Aeromonas spp. (Aer294 e Aer593) apresentaram posições filogenéticas que indicavam que esses isolados eram diferentes das espécies de Aeromonas já descritas. O presente trabalho teve como objetivo esclarecer a posição taxonômica destes dois isolados de Aeromonas que não agruparam com nenhuma das espécies descritas. Sequências de seis genes housekeeping desses isolados (gyrB, rpoD, recA, dnaJ, gyrA e dnaX) foram obtidas, a partir do sequenciamento de genoma completo, para análise filogenética através da técnica Multilocus Phylogenetic Analysis (MLPA) com sequências parciais desses mesmos genes para as 36 espécies atualmente descritas para o gênero Aeromonas. O isolado Aer294 agrupou com a espécie Aeromonas australiensis, recentemente descrita, e o isolado Aer593 formou um ramo independente, sugerindo que seria uma nova espécie do gênero. A identificação por espectrometria de massas MALDI-TOF dos isolados Aer294 e Aer593 foi A. veronii e A. caviae, respectivamente, em discordância com os resultados da filogenia. Para confirmação sobre suas posições taxonômicas os isolados foram submetidos a hibridização in silico e à comparação genômica por identidade média de nucleotídeos, que teve como resultado que o isolado Aer593 pertence à espécie A. caviae, enquanto o Aer294 pertence à espécie A. australiensis. Esses resultados foram confirmados pelo MLPA com CDS completa para os seis genes housekeeping e também pelo core genoma. Esse estudo mostrou que por embora o MLPA seja um bom método de classificação, ele pode levar a conclusões equivocadas sobre a posição de algumas cepas de Aeromonas e que a melhor forma de classificar novas espécies desse gênero é a partir da análise filogenética utilizando core genoma.