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AutorMatosinho, Carolina Guimarães Ramos
AutorRosse, Izinara Cruz
AutorFonseca, Pablo Augusto Souza
AutorOliveira, Francislon Silva de
AutorSantos, Fausto Gonçalves Dos
AutorAraújo, Flávio Marcos Gomes
AutorSalim, Anna Christina de Matos
AutorLopes, Beatriz Cordenonsi
AutorArbex, Wagner Antonio
AutorMachado, Marco Antônio
AutorPeixoto, Maria Gabriela Campolina Diniz
AutorVerneque, Rui da Silva
AutorMartins, Marta Fonseca
AutorSilva, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da
AutorOliveira, Guilherme Correa de
AutorPires, Douglas Eduardo Valente
AutorCarvalho, Maria Raquel Santos
Fecha de acceso2023-08-09T18:23:14Z
Fecha de disponibilización2023-08-09T18:23:14Z
Fecha de publicación2021
ReferenciaMATOSINHO, Carolina Guimarães Ramos et al. Identification and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. Trop Anim Health Prod. V. 53, n. 6, 524,2021. doi: 10.1007/s11250-021-02970-2.en_US
ISSN0049-4747en_US
URIhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/59931
Idiomaengen_US
EditorSpringeren_US
Derechos de autorrestricted access
TítuloIdentification and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr.en_US
Tipo del documentoArticle
Resumen en InglésWhole genome sequencing of bovine breeds has allowed identification of genetic variants in milk protein genes. However, functional repercussion of such variants at a molecular level has seldom been investigated. Here, the results of a multistep Bioinformatic analysis for functional characterization of recently identified genetic variants in Brazilian Gyr and Guzerat breeds is described, including predicted effects on the following: (i) evolutionary conserved nucleotide positions/regions; (ii) protein function, stability, and interactions; (iii) splicing, branching, and miRNA binding sites; (iv) promoters and transcription factor binding sites; and (v) collocation with QTL. Seventy-one genetic variants were identified in the caseins (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, and CSN3), LALBA, LGB, and LTF genes. Eleven potentially regulatory variants and two missense mutations were identified. LALBA Ile60Val was predicted to affect protein stability and flexibility, by reducing the number the disulfide bonds established. LTF Thr546Asn is predicted to generate steric clashes, which could mildly affect iron coordination. In addition, LALBA Ile60Val and LTF Thr546Asn affect exonic splicing enhancers and silencers. Consequently, both mutations have the potential of affecting immune response at individual level, not only in the mammary gland. Although laborious, this multistep procedure for classifying variants allowed the identification of potentially functional variants for milk protein genes.en_US
AfiliaciónUniversidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Programa de Pós-Graduação Em Genética. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónUniversidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Programa de Pós-Graduação Em Genética. Belo Horizonte, MG, Brazil/Universidade Federal de Ouro Preto. Escola de Farmácia. Departamento de Farmácia. Ouro Preto, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónUniversidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Programa de Pós-Graduação Em Genética. Belo Horizonte, MG, Brazil/University of Guelph. Centre for Genetic Improvement of Livestock. Department of Animal Biosciences. Guelph, ON, Canada.en_US
AfiliaciónUniversidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Programa de Pós-Graduação Em Genética. Belo Horizonte, MG, Brazil/ Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Grupo de Genômica E Biologia Computacional. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Grupo de Genômica E Biologia Computacional. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Grupo de Genômica E Biologia Computacional. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Grupo de Genômica E Biologia Computacional. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEPAMIG. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEmbrapa Gado de Leite. Juiz de Fora, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEmbrapa Gado de Leite. Juiz de Fora, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEmbrapa Gado de Leite. Juiz de Fora, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEPAMIG. Belo Horizonte, MG, Brazil/Embrapa Gado de Leite. Juiz de Fora, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEmbrapa Gado de Leite. Juiz de Fora, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónEmbrapa Gado de Leite. Juiz de Fora, MG, Brazil.en_US
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Grupo de Genômica E Biologia Computacional. Belo Horizonte, MG, Brazil/Instituto Tecnológico Vale. Belém, PA, Brazil.en_US
AfiliaciónSchool of Computing and Information Systems. University of Melbourne. Parkville, VIC, Australia/Bio21 Institute. University of Melbourne. Parkville, VIC, Australia.en_US
AfiliaciónUniversidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Programa de Pós-Graduação Em Genética. Belo Horizonte, MG, Brazil.en_US
Palavras clave en InglêsCattleen_US
Palavras clave en InglêsCaseinen_US
Palavras clave en InglêsLactoferrinen_US
Palavras clave en Inglêsα-Lactalbuminen_US
Palavras clave en InglêsMilk proteinen_US
Palavras clave en InglêsIn silico variant analysisen_US
Fecha de embargo3100-12-31


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Identification and in silico ...
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