Author | Sant'Anna, Fernando Hayashi | |
Author | Andreis, Tiago Finger | |
Author | Salvato, Richard Steiner | |
Author | Varela, Ana Paula Muterle | |
Author | Comerlato, Juliana | |
Author | Gregianini, Tatiana Schäffer | |
Author | Barcellos, Regina Bones | |
Author | Godinho, Fernanda Marques de Souza | |
Author | Resende, Paola Cristina | |
Author | Wallau, Gabriel da Luz | |
Author | Regina y Castro, Thaís | |
Author | Casarin, Bruna Campestrini | |
Author | Vieira, Andressa de Almeida | |
Author | Schwarzbold, Alexandre Vargas | |
Author | Trindade, Priscila de Arruda | |
Author | Giannini, Gabriela Luchiari Tumioto | |
Author | Freese, Luana | |
Author | Bristot, Giovana | |
Author | Brasil, Carolina Serpa | |
Author | Rocha, Bruna de Oliveira | |
Author | Martins, Paloma Bortolini | |
Author | Oliveira, Francine Hehn de | |
Author | Oosterhout, Cock van | |
Author | Wendland, Eliana Márcia Da Ros | |
Access date | 2024-02-05T14:54:37Z | |
Available date | 2024-02-05T14:54:37Z | |
Document date | 2023 | |
Citation | SANT'ANNA, Fernando Hayashi et al. Incipient parallel evolution of SARS-CoV-2 deltacron variant in south Brazil. Vaccines, v. 11, n. 2, p. 1-16, 18 Jan. 2023. | en_US |
ISSN | 2076-393X | en_US |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/62542 | |
Description | A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/ | |
Sponsorship | Cock van Oosterhout: funded by the University of East Anglia (UEA) and Earth and Life Systems Alliance (ELSA), Norwich Research Park, Norwich, UK. | en_US |
Language | eng | en_US |
Publisher | MDPI | en_US |
Rights | open access | en_US |
Title | Incipient parallel evolution of SARS-CoV-2 deltacron variant in south Brazil | en_US |
Type | Article | en_US |
DOI | 10.3390/vaccines11020212 | |
Abstract | With the coexistence of multiple lineages and increased international travel, recombination and gene flow are likely to become increasingly important in the adaptive evolution of SARS-CoV-2. These processes could result in genetic introgression and the incipient parallel evolution of multiple recombinant lineages. However, identifying recombinant lineages is challenging, and the true extent of recombinant evolution in SARS-CoV-2 may be underestimated. This study describes the first SARS-CoV-2 Deltacron recombinant case identified in Brazil. We demonstrate that the recombination breakpoint is at the beginning of the Spike gene. The 50 genome portion (circa 22 kb) resembles the AY.101 (Delta), and the 30 genome portion (circa 8 kb nucleotides) is most similar to the BA.1.1 (Omicron). Furthermore, evolutionary genomic analyses indicate that the new strain emerged after a single recombination event between lineages of diverse geographical locations in December 2021 in South Brazil. This Deltacron, AYBA-RS, is one of the dozens of recombinants described in 2022. The submission of only four sequences in the GISAID database suggests that this lineage had a minor epidemiological impact. However, the recent emergence of this and other Deltacron recombinant lineages (XD, XF, and XS) suggests that gene flow and recombination may play an increasingly important role in the COVID-19 pandemic. We explain the evolutionary and population genetic theory that supports this assertion, concluding that this stresses the need for continued genomic surveillance. This monitoring is vital for countries where multiple variants are present, as well as for countries that receive significant inbound international travel. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Laboratório Central de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Affilliation | University of East Anglia. School of Environmental Sciences. Norwich Research Park. Norwich, UK. | en_US |
Affilliation | Hospital Moinhos de Vento. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. Departamento de Saúde Pública. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
Subject | COVID-19 | en_US |
Subject | SARS-CoV-2 genomes | en_US |
Subject | Gene flow | en_US |
Subject | Recombination | en_US |
Subject | Genetic introgression | en_US |
Subject | Adaptive landscape | en_US |
Subject | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | en_US |
Subject | Brazil | en_US |
Subject | Deltacron | en_US |
Subject | Recombinant | en_US |
Subject | AYBA-RS | en_US |
e-ISSN | 2076-393X | |