| Author | Regina y Castro, Thaís | |
| Author | Piccoli, Bruna Candia | |
| Author | Vieira, Andressa A. | |
| Author | Casarin, Bruna Campestrini | |
| Author | Tessele, Luíza Funck | |
| Author | Salvato, Richard Steiner | |
| Author | Gregianini, Tatiana Schäffer | |
| Author | Martins, Leticia G. | |
| Author | Resende, Paola Cristina | |
| Author | Pereira, Elisa Cavalcante | |
| Author | Moreira, Filipe Romero Rebello | |
| Author | Jesus, Jaqueline Goes de | |
| Author | Seerig, Ana Paula | |
| Author | Lobato, Marcos Antonio de Oliveira | |
| Author | Campos, Marli Matiko Anraku de | |
| Author | Gularte, Juliana Schons | |
| Author | Silva, Mariana S. da | |
| Author | Demoliner, Meriane | |
| Author | Filippi, Micheli | |
| Author | Pereira, Vyctoria Malayhka de Abreu Góes | |
| Author | Schwarzbold, Alexandre Vargas | |
| Author | Spilki, Fernando Rosado | |
| Author | Trindade, Priscila de Arruda | |
| Access date | 2024-02-06T14:23:52Z | |
| Available date | 2024-02-06T14:23:52Z | |
| Document date | 2023 | |
| Citation | REGINA Y CASTRO, Thaís et al. Introduction, dispersal, and predominance of SARS-CoV-2 delta variant in Rio Grande do Sul, Brazil: a retrospective analysis. Microorganisms, v. 11, n. 12, p. 1-18, 7 Dec. 2023. | en_US |
| ISSN | 2076-2607 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/62577 | |
| Sponsorship | This research was funded by Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), grant numbers 88887.502716/2020-00 and 88882.461702/2019-01, Rede Coronaomica BR MCTI/FINEP affiliated to RedeVírus/MCTI (FINEP grant 01.20.0029.000462/20, CNPq 404096/2020-4), and FAPERGS (grant 21/2551-0000081-3); AstraZeneca (grant numbers 28186 and 28186*1), and Bill e Melinda Gates Foundation (grant number 28098). | en_US |
| Language | eng | en_US |
| Publisher | MDPI | en_US |
| Rights | open access | |
| Title | Introduction, dispersal, and predominance of SARS-CoV-2 delta variant in Rio Grande do Sul, Brazil: a retrospective analysis | en_US |
| Type | Article | |
| DOI | 10.3390/microorganisms11122938 | |
| Abstract | Mutations in the SARS-CoV-2 genome can alter the virus’ fitness, leading to the emergence of variants of concern (VOC). In Brazil, the Gamma variant dominated the pandemic in the first half of 2021, and from June onwards, the first cases of Delta infection were documented. Here, we investigate the introduction and dispersal of the Delta variant in the RS state by sequencing 1077 SARS-CoV-2-positive samples from June to October 2021. Of these samples, 34.7% were identified as Gamma and 65.3% as Delta. Notably, 99.2% of Delta sequences were clustered within the 21J lineage, forming a significant Brazilian clade. The estimated clock rate was 5.97 × 10⁻⁴ substitutions per site per year. The Delta variant was first reported on 17 June in the Vinhedos Basalto microregion and rapidly spread, accounting for over 70% of cases within nine weeks. Despite this, the number of cases and deaths remained stable, possibly due to vaccination, prior infections, and the continued mandatory mask use. In conclusion, our study provides insights into the Delta variant circulating in the RS state, highlighting the importance of genomic surveillance for monitoring viral evolution, even when the impact of new variants may be less severe in a given region. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Governo do Estado Rio Grande do Sul. Secretaria Estadual da Saúde. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Secretaria Municipal da Saúde de Santa Maria. Vigilância em Saúde. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Saúde Coletiva. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade FEEVALE. Laboratório de Microbiologia Molecular. Novo Hamburgo, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade FEEVALE. Laboratório de Microbiologia Molecular. Novo Hamburgo, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade FEEVALE. Laboratório de Microbiologia Molecular. Novo Hamburgo, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade FEEVALE. Laboratório de Microbiologia Molecular. Novo Hamburgo, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade FEEVALE. Laboratório de Microbiologia Molecular. Novo Hamburgo, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Clínica Médica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade FEEVALE. Laboratório de Microbiologia Molecular. Novo Hamburgo, RS, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Santa Maria. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica. Santa Maria, RS, Brasil. | en_US |
| Subject | Genomic surveillance | en_US |
| Subject | Viral lineages | en_US |
| Subject | Variants of concern | en_US |
| Subject | Genome analysis | en_US |
| Subject | Phylogeny | en_US |
| e-ISSN | 2076-2607 | |
