| Author | Carvalho, Paulo C. | |
| Author | Yates, John R. | |
| Author | Barbosa, Valmir C. | |
| Access date | 2024-11-04T01:08:06Z | |
| Available date | 2024-11-04T01:08:06Z | |
| Document date | 2010 | |
| Citation | CARVALHO, Paulo C.; CARVALHO, Paulo C.; YATES, John R.; BARBOSA, Valmir C. Analyzing shotgun proteomic data with patternlab for proteomics. Current Protocols in Bioinformatics, United States, v. Chapter 13, n. SUPPL. 30, p. Unit 13.13.1-15, 2010. DOI: 10.1002/0471250953.BI1313S30. | en_US |
| ISSN | 1934-3396 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/66870 | |
| Abstract in Portuguese | PatternLab para proteômica é um ambiente computacional completo para analisar dados proteômicos shotgun. Seus módulos fornecem meios para identificar proteínas/peptídeos que são diferencialmente expressos, aqueles que são exclusivos de um estado, e também podem agrupar aqueles que compartilham perfis de expressão semelhantes em experimentos de curso de tempo, bem como ajudar na interpretação de resultados de acordo com a Gene Ontology. O PatternLab é amigável, simples e fornece uma interface gráfica de usuário. | en_US |
| Language | eng | en_US |
| Publisher | Curr Protoc Bioinformatics | en_US |
| Rights | open access | en_US |
| MeSH | Cluster Analysis | en_US |
| MeSH | Databases, Protein | en_US |
| MeSH | Guidelines as Topic | en_US |
| MeSH | Proteins | en_US |
| MeSH | Proteomics | en_US |
| MeSH | Sequence Homology, Amino Acid | en_US |
| MeSH | Software | en_US |
| MeSH | User-Computer Interface | en_US |
| Subject in Portuguese | proteômica shotgun | en_US |
| Subject in Portuguese | análise proteômica sem rótulo | en_US |
| Subject in Portuguese | análise proteômica baseada em rótulo | en_US |
| Title | Analyzing shotgun proteomic data with patternlab for proteomics | en_US |
| Type | Article | en_US |
| DOI | 10.1002/0471250953.BI1313S30 | |
| Abstract | PatternLab for proteomics is a one-stop-shop computational environment for analyzing shotgun proteomic data. Its modules provide means to pinpoint proteins / peptides that are differentially expressed, those that are unique to a state, and can also cluster the ones that share similar expression profiles in time-course experiments as well as help in interpreting results according to Gene Ontology. PatternLab is user-friendly, simple, and provides a graphical user interface. | en_US |
| Affilliation | Systems Engineering and Computer Science Program, COPPE, Federal University of Rio de Janeiro, Brazil / Scripps Research Institute, United States | en_US |
| Affilliation | Scripps Research Institute, United States | en_US |
| Affilliation | Systems Engineering and Computer Science Program, COPPE, Federal University of Rio de Janeiro, Brazil | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Inovação em Doenças de Populações Negligenciadas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
| Subject | shotgun proteomics | en_US |
| Subject | label-free proteomic analysis | en_US |
| Subject | label-based proteomic analysis | en_US |
| e-ISSN | 1934-340X | |
