| Author | Rezende, Jéssica de Oliveira Veloso | |
| Author | Batista, Michel | |
| Author | Machado, Kelly Cavalcanti | |
| Author | Bandini, Thiago Bousquet | |
| Author | Menezes, Igor Alexandre Côrtes | |
| Author | Stefani, Fernanda do Carmo de | |
| Author | Santos, Marlon Dias Mariano | |
| Author | Carvalho, Paulo Costa | |
| Author | Kurt, Louise Ulrich | |
| Author | Brant, Rodrigo Soares Caldeira | |
| Author | Morello, Luis Gustavo | |
| Author | Marchini, Fabricio Klerynton | |
| Access date | 2024-11-04T19:57:44Z | |
| Available date | 2024-11-04T19:57:44Z | |
| Document date | 2024 | |
| Citation | REZENDE, Jéssica de Oliveira Veloso et al. A dataset for developing proteomic tools for pathogen detection via differential cell lysis of whole blood samples. Scientific Data, v. 11, n. 1105, p. 1-8, 2024. | en_US |
| ISSN | 2052-4463 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/66921 | |
| Sponsorship | CNPq | en_US |
| Language | eng | en_US |
| Publisher | Nature | en_US |
| Rights | open access | en_US |
| Subject in Portuguese | Staphylococcus aureus | en_US |
| Subject in Portuguese | Pseudomonas aeruginosa | en_US |
| Subject in Portuguese | Candida albicans | en_US |
| Subject in Portuguese | Sepse | en_US |
| Subject in Portuguese | Espectrometria de massas | en_US |
| Title | A dataset for developing proteomic tools for pathogen detection via diferential cell lysis of whole blood samples | en_US |
| Type | Article | en_US |
| DOI | 10.1038/s41597-024-03834-8 | |
| Abstract | This data descriptor presents a curated dataset for pathogen detection and identifcation (Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, and Candida albicans) directly from whole-blood samples. The dataset was created using diferential cell lysis combined with rapid extraction, digestion, and mass spectrometry-based proteomics. Our method ofers a rapid diagnostic alternative to traditional culture, enabling timely disease management, such as sepsis. Highlighting our dataset’s uniqueness, it features a three-tier structure: Spectral Libraries of Pathogens for identifying peptide peaks for putative biomarkers; Spiked pathogen in blood MS data for biomarker panel optimization through varied concentration samples; and Parallel Reaction Monitoring (PRM) data from sepsis patients for validating our biomarker panel, achieving 83.3% sensitivity within seven hours without microbial enrichment culture. This dataset serves as a comprehensive reference for bioinformatic tool development and biomarker panel proposals, advancing microbial detection, antimicrobial resistance, and epidemiological studies. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Ciências e Tecnologias Aplicadas em Saúde. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Ciências e Tecnologias Aplicadas em Saúde. Curitiba, PR, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Plataforma de Espectrometria de Massa. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Plataforma de Espectrometria de Massa. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Plataforma de Espectrometria de Massa. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Paraná. Departamento Interno de Medicina. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Paraná. Hospital Clínico. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica Estrutural e Computacional. Curitiba, PR, Brasil / Institut Pasteur de Montevideo. Analytical Biochemistry and Proteomics Unit. Montevideo, Uruguay. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica Estrutural e Computacional. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica Estrutural e Computacional. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Plataforma de Espectrometria de Massa. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Ciências e Tecnologias Aplicadas em Saúde. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Ciências e Tecnologias Aplicadas em Saúde. Curitiba, PR, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Plataforma de Espectrometria de Massa. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Subject | Staphylococcus aureus | en_US |
| Subject | Pseudomonas aeruginosa | en_US |
| Subject | Candida albicans | en_US |
| Subject | Mass spectrometry | en_US |
| Subject | Sepsis | en_US |
| DeCS | Staphylococcus aureus | en_US |
| DeCS | Pseudomonas aeruginosa | en_US |
| DeCS | Candida albicans | en_US |
| DeCS | Espectrometria de massas | en_US |
| DeCS | Sepse | en_US |
