| Author | Wolf, Ivan Rodrigo | |
| Author | Schemberger, Michelle Orane | |
| Author | Azambuja, Matheus | |
| Author | Oliveira, Fernanda Souza | |
| Author | Nogaroto, Viviane | |
| Author | Valente, Guilherme Targino | |
| Author | Martins, Cesar | |
| Author | Vicari, Marcelo Ricardo | |
| Access date | 2024-12-14T13:10:57Z | |
| Available date | 2024-12-14T13:10:57Z | |
| Document date | 2024 | |
| Citation | WOLF, I. R. et al. The long-read assembly of Apareiodon sp., a neotropical fish with a ZZ/ZW sex chromosome system. Genetics and Molecular Biology, v. 47, n. 4 (e20240098), p. 1-6, 2024. | en_US |
| ISSN | 1678-4685 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/67598 | |
| Sponsorship | This study was supported by FAPESP (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, grant number: 2015/16661-1), Fundação Araucária (Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Estado do Paraná, grant number: 9/2017), CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior – Finance Code 001), and CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, grant number: 313566/2023-2). The authors are also grateful to Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio, license number 15117) for authorizing the collection of specimens. | en_US |
| Language | eng | en_US |
| Publisher | Sociedade Brasileira de Genética | en_US |
| Rights | open access | en_US |
| Subject in Portuguese | Cromossomos | en_US |
| Subject in Portuguese | Sequência genômica | en_US |
| Title | The long-read assembly of Apareiodon sp., a neotropical fish with a ZZ/ZW sex chromosome system | en_US |
| Type | Article | en_US |
| DOI | 10.1590/1678-4685-GMB-2024-0098 | |
| Abstract | Neotropical fishes emerge as an extremely diverse group of vertebrates where genomic strategies to evaluate structural and functional features are still beginning. Here, we present a second draft genome of Apareiodon sp. (2n=54, ZZ/ZW), adding PacBio technology whole genome sequencing, and assembling by combining two technologies (long and short reads). Using a detailed strategy for genome assembly with fish genomes of Pygocentrus nattereri, Carassius auratus, and Astyanax mexicanus as references, the final assembly of the Apareiodon sp. genome generated 93 scaffolds, an N50 of 37,200,078 bases, and a size estimate considering 28 scaffolds (26 autosomes+ZW) of ~945 Mb. In Apareiodon sp., this second genome draft confirmed that ~36% of the genome is composed of repetitive DNA. Furthermore, the new draft genome has improved genomic quality assessments, allowing the annotation of 36,290 genes and 15,683 proteins, which presented similarities to reference genomes. The second draft genome of Apareiodon sp. will be useful for research on integrative cytogenetic and genomic data. It will open perspectives for analyzing sex-determining genes in Neotropical fish with a ZZ/ZW sex chromosome system. | en_US |
| Affilliation | Universidade Estadual Paulista. Instituto de Biociências de Botucatu. Departamento de Morfologia. Botucatu, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Paraná. Centro Politécnico. Programa de Pós-Graduação em Genética. Curitiba, PR, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório da Regulação da Expressão Gênica. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Paraná. Centro Politécnico. Programa de Pós-Graduação em Genética. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Paraná. Centro Politécnico. Programa de Pós-Graduação em Genética. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Estadual de Ponta Grossa. Departamento de Biologia Estrutural, Molecular e Genética. Ponta Grossa, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Estadual Paulista. Instituto de Biociências de Botucatu. Departamento de Morfologia. Botucatu, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Estadual Paulista. Instituto de Biociências de Botucatu. Departamento de Morfologia. Botucatu, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Paraná. Centro Politécnico. Programa de Pós-Graduação em Genética. Curitiba, PR, Brasil / Universidade Estadual de Ponta Grossa. Departamento de Biologia Estrutural, Molecular e Genética. Ponta Grossa, PR, Brasil. | en_US |
| Subject | Chromosomes | en_US |
| Subject | Genome sequence | en_US |
| Subject | Parodontidae | en_US |
| Subject | Teleostei | en_US |
| DeCS | Cromossomos | en_US |
| DeCS | Sequenciamento Completo do Genoma | en_US |
