| Author | Brcko, Isabela Carvalho | |
| Author | Souza, Vinicius Carius de | |
| Author | Ribeiro, Gabriela | |
| Author | Lima, Alex Ranieri Jeronimo | |
| Author | Martins, Antonio Jorge | |
| Author | Barros, Claudia Renata dos Santos | |
| Author | Carvalho, Eneas de | |
| Author | Pereira, James Siqueira | |
| Author | Lima, Loyze Paola Oliveira de | |
| Author | Viala, Vincent Louis | |
| Author | Kashima, Simone | |
| Author | La-Roque, Debora Glenda Lima de | |
| Author | Santos, Elaine Vieira | |
| Author | Rodrigues, Evandra Strazza | |
| Author | Nunes, Juliana Almeida | |
| Author | Torres, Leandro Spalato | |
| Author | Caldeira, Luiz Artur Vieira | |
| Author | Palmieri, Melissa | |
| Author | Medina, Caio Genovez | |
| Author | Arruda, Raphael Augusto de | |
| Author | Lopes, Renata Beividas | |
| Author | Reple Sobrinho, Geraldo | |
| Author | Jorge, Daniel Macedo de Melo | |
| Author | Arruda, Eurico | |
| Author | Mendes, Eladja Christina Bezerra da Silva | |
| Author | Santos, Hazerral de Oliveira | |
| Author | Mello, Arabela Leal e Silva de | |
| Author | Pereira, Felicidade Mota | |
| Author | Gomez, Marcela Kelly Astete | |
| Author | Nardy, Vanessa Brandão | |
| Author | Henrique, Brenno Vinicius Martins | |
| Author | Vieira, Lucas Luiz | |
| Author | Roll, Mariana Matos | |
| Author | Oliveira, Elaine Cristina de | |
| Author | Almeida, Júlia Deffune Profeta Cidin | |
| Author | Silva, Stephanni Figueiredo da | |
| Author | Borges, Gleissy Adriane Lima | |
| Author | Furtado, Katia Cristina de Lima | |
| Author | Costa, Patricia Miriam Sayuri Sato Barros da | |
| Author | Chagas, Shirley Moreira da Silva | |
| Author | Kallas, Esper G. | |
| Author | Daniel Larh, Daniel Larh | |
| Author | Giovanetti, Marta | |
| Author | Slavov, Svetoslav Nanev | |
| Author | Sampaio, Sandra Coccuzzo | |
| Author | Sabbaga, Maria Carolina Elias | |
| Access date | 2025-01-10T16:32:37Z | |
| Available date | 2025-01-10T16:32:37Z | |
| Document date | 2024 | |
| Citation | BRCKO, Isabela Carvalho et al. Comprehensive Molecular Epidemiology of Influenza Viruses in Brasil: insights from a nationwide analysis. Virus Evolution, v. 11, n. 1, p. 1-17, Nov. 2024. | en_US |
| ISSN | 2057-1577 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/68053 | |
| Language | eng | en_US |
| Publisher | Oxford Academic | en_US |
| Previous version | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/68050 | en_US |
| Rights | open access | en_US |
| Title | Comprehensive Molecular Epidemiology of Influenza Viruses in Brasil: insights from a nationwide analysis | en_US |
| Type | Article | en_US |
| DOI | 10.1093/ve/veae102 | |
| Abstract | Influenza A and B viruses represent significant global health threats, contributing substantially to morbidity and mortality rates. However, a comprehensive understanding of the molecular epidemiology of these viruses in Brazil, a continental-size country and a crucial hub for the entry, circulation, and dissemination of influenza viruses within South America, still needs to be improved. This study addresses this gap by consolidating data and samples across all Brazilian macroregions, as part of the Center for Viral Surveillance and Serological Assessment project, together with an extensive number of other Brazilian sequences provided by a public database during the epidemic seasons spanning 2021–23. Phylogenetic analysis of the hemagglutinin segment of influenza A/H1N1pdm09, A/H3N2, and influenza B/Victoria-lineage viruses revealed that in 2021 and in the first semester of 2022, the A/H3N2 2a.3 strain was the predominant circulating strain. Subsequently, the A/H3N2 2b became the prevalent strain until October, when it was substituted by A/H1N1pdm09 5a.2a and 5a.2a.1 lineages. This scenario was maintained during the year of 2023. B/Victoria emerged and circulated at low levels between December 2021 and September 2022 and then became coprevalent with A/H1N1pdm09 5a.2a and 5a.2a.1 lineages. The comparison between the vaccine strain A/Darwin/9/2021 and circulating viruses revealed shared mutations to aspartic acid at residues 186 and 225 across all A/H3N2 lineages from 2021 to 2023, altering the charge in the receptor-binding domain. For A/H1N1pdm09, the 2022 consensus of 5a.2a.1 and the vaccine strain A/Victoria/2570/2019 showed 14 amino acid substitutions. Key residues H180, D187, K219, R223, E224, and T133 are involved in hydrogen interactions with sialic acids, while N130, K142, and D222 may contribute to distance interactions based on docking analyses. Importantly, distinct influenza A lineage frequency patterns were observed across Brazil’s macroregions, underscoring the regional variations in virus circulation. This study characterizes influenza A and B viruses circulating in Brazil, providing insights into their circulation patterns and dynamics across Brazilian macroregions. These findings hold significant implications for public health interventions, informing strategies to mitigate transmission risks, optimize vaccination efforts, and enhance outbreak control measures. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil. / Hemocentro Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Hemocentro Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Hemocentro Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Hemocentro Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura de São Paulo. Secretaria Municipal de Saúde. Coordenadoria de Vigilância em Saúde. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura de São Paulo. Secretaria Municipal de Saúde. Coordenadoria de Vigilância em Saúde. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura de São Paulo. Secretaria Municipal de Saúde. Coordenadoria de Vigilância em Saúde. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura de São Paulo. Secretaria Municipal de Saúde. Coordenadoria de Vigilância em Saúde. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura São Bernardo do Campo. Departamento de Atenção Hospitalar. São Bernardo do Campo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura São Bernardo do Campo. Departamento de Atenção Hospitalar. São Bernardo do Campo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura São Bernardo do Campo. Departamento de Atenção Hospitalar. São Bernardo do Campo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Prefeitura São Bernardo do Campo. Laboratório Central de Saúde Pública. São Bernardo do Campo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado de Alagoas. Laboratório Central de Saúde Pública. Maceió, AL, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado de Alagoas. Laboratório Central de Saúde Pública. Maceió, AL, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado da Bahia. Laboratório Central de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Distrito Federal. Laboratório Central de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Distrito Federal. Laboratório Central de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Distrito Federal. Laboratório Central de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado de Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado de Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado de Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado do Pará. Laboratório Central de Saúde Pública. Ananindeua, PA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado do Pará. Laboratório Central de Saúde Pública. Ananindeua, PA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado do Pará. Laboratório Central de Saúde Pública. Ananindeua, PA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Estado do Pará. Laboratório Central de Saúde Pública. Ananindeua, PA, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. / Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Hospital das Clínicas. São Paulo, SP. Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade de São Paulo. Instituto de Biociências. São Paulo, SP. Brasil. | en_US |
| Affilliation | Department of Science and Technology for Humans and the Environment. Universita Campus Bio-Medico di Roma. Rome, Italy. / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Climate Amplified Diseases And Epidemics. Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Instituto Butantan. Centro de Vigilância Viral e Avaliação Sorológica. São Paulo, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | en_US |
| Subject | Influenza A | en_US |
| Subject | Influenza B | en_US |
| Subject | Genomic surveillance | en_US |
| Subject | Molecular docking | en_US |
| Subject | Phylogeny | en_US |
| Subject | Protein structure prediction | en_US |
| Subject | Vaccine strains | en_US |
