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AutorThompson, Cristiane Carneiro
AutorSilva, Camille Victória Leal Corrêia da
AutorFaustino, Renan da Silva
AutorLeomil, Luciana
AutorJagadeeshwari, Uppada
AutorSharma, Richa
AutorOliveira, Marcelo de Assis Passos
AutorTschoeke, Diogo Antonio
AutorCruz, Thais Felix Cordeiro da
AutorPinto, Larissa Macedo
AutorCunha, Antônio Ricardo Khouri
AutorKoolen, Hector Henrique Ferreira
AutorLanduci, Felipe Schwahofer
AutorRezende, Carlos Eduardo de
AutorMorais, Ícaro Strobel
AutorMoraes, Laíse Eduarda Paixão de
AutorRamos, Pablo Ivan Pereira
AutorSouza, Heitor Siffert Pereira de
AutorMotta, Fernando do Couto
AutorBarral Netto, Manoel
AutorOliveira, Maria de Lourdes Aguiar
AutorSiqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
AutorSasikala, Chintalapati
AutorThompson, Fabiano Lopes
Fecha de acceso2025-02-14T18:34:08Z
Fecha de disponibilización2025-02-14T18:34:08Z
Fecha de publicación2025
ReferenciaTHOMPSON, Cristiane Carneiro et al. Co-occurrence of SARS-CoV-2 variants in rivers and sewage in India and Brazil. Science of the Total Environment, v. 958, n. 178089, p. 1-13, 1 Jan. 2025.
ISSN0048-9697
URIhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/68583
DescripciónProdução científica do Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais.pt_BR
PromociónFundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas (FAPEAM) FAPEAM EDITAL N. 006/2020 - PCTI-EMERGESAÚDE/AM - CHAMADA II - ÁREAS PRIORITÁRIAS, Project No. 01.02.016301.01063/2021.
Idiomaengen_US
EditorElsevier
Derechos de autorrestricted access
TítuloCo-occurrence of SARS-CoV-2 variants in rivers and sewage in India and Brazilen_US
Tipo del documentoArticle
DOI10.1016/j.scitotenv.2024.178089
Resumen en InglésThe genomic monitoring of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) in riverine and sewage water has been widely used as an epidemiological tool worldwide. But its utility for epidemiological assessments still needs to be evaluated in some areas. Our study encompassed thirteen Brazilian rivers spanning a vast urban expanse across the states of Rio de Janeiro, São Paulo, and Paraná. The sampled rivers in Rio de Janeiro are heavily contaminated with sewage. Meanwhile, the Indian samples were all wastewater before joining the water bodies from urban regions (Andhra Pradesh and Telangana). The viral copies were quantified using quantitative polymerase chain reaction (qPCR) in all examined samples (N = 91). The abundance of viral particles varied from 567 to 85,700,000 copies/ml. Subsequently, Illumina CovidSeq was applied to identify the major variants. In Brazil, while a single SARS-CoV-2 VOC was identified for just a few samples (6/50, 12 %), most samples harbored multiple VOCs (44/50, 88 %). In India only one probed sample had a single variant identified. Gamma (2021) and Omicron (2021 and 2022) were the most abundant variants. Delta and Omicron genetic material were detected in Rio de Janeiro city rivers before Brazil's first cases of these variants. Several negative samples in the Real-Time RT-PCR (qPCR) turned out to have SARS-CoV-2 sequences suggesting CovidSeq was more sensitive than RT-PCR for virus detection in environmental samples. Sewage surveillance holds promise for early detection of emerging variants driving pandemic waves, exemplified by the Delta and Omicron variants, potentially offering a preemptive advantage over clinical sample reports.en_US
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversity College Of Engineering, Science & Technology Hyderabad. Jawaharlal Nehru Technological University Hyderabad. Centre for Environment. Bacterial Discovery Laboratory. Telangana, India.
AfiliaciónUniversity College Of Engineering, Science & Technology Hyderabad. Jawaharlal Nehru Technological University Hyderabad. Centre for Environment. Bacterial Discovery Laboratory. Telangana, India.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Medicina e Saúde Pública de Precisão. Salvador, BA, Brasil.
AfiliaciónUniversidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro. Centro de Biociências e Biotecnologia. Laboratório de Ciências Ambientais. Campos dos Goytacazes, RJ, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Medicina e Saúde Pública de Precisão. Salvador, BA, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Medicina e Saúde Pública de Precisão. Salvador, BA, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde. Salvador, BA, Brasil.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Hospital Universitário Clementino Fraga Filho. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Faculdade de Medicina. Departamento de Clínica Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Medicina e Saúde Pública de Precisão. Salvador, BA, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
AfiliaciónUniversity College Of Engineering, Science & Technology Hyderabad. Jawaharlal Nehru Technological University Hyderabad. Centre for Environment. Bacterial Discovery Laboratory. Telangana, India / Smart Microbiological Services. Secunderabad, India.
AfiliaciónUniversidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Biologia. Departamento de Genética. Laboratório de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Palavras clave en InglêsCOVID-19en_US
Palavras clave en InglêsEpidemiological toolen_US
Palavras clave en InglêsOmicronen_US
Palavras clave en InglêsSewage surveillanceen_US
e-ISSN1879-1026
xmlui.metadata.dc.subject.ods03 Saúde e Bem-Estar
xmlui.metadata.dc.subject.ods06 Água potável e saneamento


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ve_Renan_Faustino_etal_IOC_2025.pdf
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