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STRAIN CLASSIFICATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ISOLATES IN BRAZIL BASED ON GENOTYPES OBTAINED BY SPOLIGOTYPING, MYCOBACTERIAL INTERSPERSED REPETITIVE UNIT TYPING AND THE PRESENCE OF LARGE SEQUENCE AND SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
Author
Vasconcellos, Sidra E. G.
Acosta, Chyntia Carolina Diaz
Gomes, Lia L.
Conceição, Emylin Costa
Lima, Karla Valéria
Araujo, Marcelo Ivens
Leite, Maria de Lourdes
Tannure, Flávio
Caldas, Paulo Cesar de Souza
Gomes, Harrison M.
Santos, Adalberto Rezende
Gomgnimbou, Michel K.
Sola, Christophe
Couvin, David
Rastogi, Nalin
Boechat, Neio
Suffys, Philip Noel
Acosta, Chyntia Carolina Diaz
Gomes, Lia L.
Conceição, Emylin Costa
Lima, Karla Valéria
Araujo, Marcelo Ivens
Leite, Maria de Lourdes
Tannure, Flávio
Caldas, Paulo Cesar de Souza
Gomes, Harrison M.
Santos, Adalberto Rezende
Gomgnimbou, Michel K.
Sola, Christophe
Couvin, David
Rastogi, Nalin
Boechat, Neio
Suffys, Philip Noel
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboatório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Universitário Clementino Fraga Filho. Laboratório de Pesquisa Multidisciplinar. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Belém, PA, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Belém, PA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria Municipal de Saúde do Rio de Janeiro. Hospital Municipal Rafael de Paula Souza. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria Municipal de Saúde do Rio de Janeiro. Hospital Municipal Rafael de Paula Souza. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca. Centro de Referência Professor Hélio Fraga. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
CNRS–Université Paris–Sud. Institut de Génétique et Microbiologie–Infection Genetics Emerging Pathogens Evolution Team. Orsay, France.
CNRS–Université Paris–Sud. Institut de Génétique et Microbiologie–Infection Genetics Emerging Pathogens Evolution Team. Orsay, France.
Institut Pasteur de Guadeloupe. Unité de la Tuberculose et des Mycobactéries. Supranational TB Reference Laboratory. Abymes, Guadeloupe, France.
Institut Pasteur de Guadeloupe. Unité de la Tuberculose et des Mycobactéries. Supranational TB Reference Laboratory. Abymes, Guadeloupe, France.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Universitário Clementino Fraga Filho. Laboratório de Pesquisa Multidisciplinar. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Clínica Médica. Rio de Janeiro, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Belém, PA, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Seção de Bacteriologia e Micologia. Belém, PA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria Municipal de Saúde do Rio de Janeiro. Hospital Municipal Rafael de Paula Souza. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria Municipal de Saúde do Rio de Janeiro. Hospital Municipal Rafael de Paula Souza. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca. Centro de Referência Professor Hélio Fraga. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
CNRS–Université Paris–Sud. Institut de Génétique et Microbiologie–Infection Genetics Emerging Pathogens Evolution Team. Orsay, France.
CNRS–Université Paris–Sud. Institut de Génétique et Microbiologie–Infection Genetics Emerging Pathogens Evolution Team. Orsay, France.
Institut Pasteur de Guadeloupe. Unité de la Tuberculose et des Mycobactéries. Supranational TB Reference Laboratory. Abymes, Guadeloupe, France.
Institut Pasteur de Guadeloupe. Unité de la Tuberculose et des Mycobactéries. Supranational TB Reference Laboratory. Abymes, Guadeloupe, France.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Hospital Universitário Clementino Fraga Filho. Laboratório de Pesquisa Multidisciplinar. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Clínica Médica. Rio de Janeiro, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactéria. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Rio de Janeiro is endemic for tuberculosis (TB) and presents the second largest prevalence of the disease in Brazil. Here, we
present the bacterial population structure of 218 isolates of Mycobacterium tuberculosis, derived from 186 patients that were
diagnosed between January 2008 and December 2009. Genotypes were generated by means of spoligotyping, 24 MIRUVNTR
typing and presence of fbpC103, RDRio and RD174. The results confirmed earlier data that predominant genotypes in
Rio de Janeiro are those of the Euro American Lineages (99%). However, we observed differences between the classification
by spoligotyping when comparing to that of 24 MIRU-VNTR typing, being respectively 43.6% vs. 62.4% of LAM, 34.9% vs.
9.6% of T and 18.3% vs. 21.5% of Haarlem. Among isolates classified as LAM by MIRU typing, 28.0% did not present the
characteristic spoligotype profile with absence of spacers 21 to 24 and 32 to 36 and we designated these conveniently as
‘‘LAM-like’’, 79.3% of these presenting the LAM-specific SNP fbpC103. The frequency of RDRio and RD174 in the LAM strains, as
defined both by spoligotyping and 24 MIRU-VNTR loci, were respectively 11% and 15.4%, demonstrating that RD174 is not
always a marker for LAM/RDRio strains. We conclude that, although spoligotyping alone is a tool for classification of strains of
the Euro-American lineage, when combined with MIRU-VNTRs, SNPs and RD typing, it leads to a much better understanding
of the bacterial population structure and phylogenetic relationships among strains of M. tuberculosis in regions with high
incidence of TB.
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