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Title: Comparação entre amostras de pele íntegra parafinada e congelada através da reação em cadeia da polimerase - quantitativa (qPCR) no diagnóstico da leishmaniose visceral canina
Advisor: Figueiredo, Fabiano Borges
Madeira, Maria de Fátima
Authors: Campos, Monique Paiva de
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: A leishmaniose visceral (LV) representa um importante problema de saúde pública no Brasil. Podem acometer os seres humanos e mamíferos silvestres e domésticos, sob a forma de doenças infecciosas crônicas com uma ampla gama de manifestações clínicas. O diagnóstico laboratorial é requerido para confirmar a suspeita clínica. Atualmente as técnicas moleculares baseadas na reação em cadeia da polimerase (PCR) têm demonstrado alta especificidade e sensibilidade. Na literatura existem diversos relatos da utilização da PCR com diferentes tipos de material clínico, alvos moleculares, conservação das amostras. Alguns autores consideram amostras congeladas mais vantajosas em relação às amostras fixadas em formol e embebidas em parafina (FFPE). No entanto, muitos pesquisadores defendem a importância das amostras FFPE devido à facilidade de conservação e possibilidade de utilização da PCR em estudos retrospectivos. O objetivo desse projeto foi avaliar a acurácia da qPCR realizada em amostras de pele íntegra congelada e parafinada. Trata-se de um estudo de validação, com 50 amostras de tecido congelado e 50 de tecido parafinado, provenientes de cães da cidade de Belém-PA. De cada animal foram coletados fragmentos de pele íntegra, sendo um dos fragmentos congelado e outro conservado por parafinização. As amostras de pele íntegra analisadas foram coletadas da região escapular utilizando punch de 3 mm. A qPCR foi orientada para alvos do kDNA da espécie Leishmania infantum A extração de DNA de amostras de pele íntegra FFPE foi realizada com o \201Ckit\201D comercial QIAamp® DNA FFPE Tissue (Qiagen, Califórnia, USA) de acordo com as recomendações do fabricante e para as amostras de tecido congelado foi utilizado o \201Ckit\201D IllustraTM Tissue & Cells Genomicprep Mini spin (GE Healthcare), seguindo as recomendações contidas no \201Ckit\201D. Os resultados obtidos demonstraram índices de sensibilidade e especificidade para as amostras FFPE de 63,7% e de 77,8%. Para as amostras congeladas foram de 100% e 45,9%, respectivamente. O índice Kappa obtido foi considerado fraco. A recuperação/concentração de DNA nas amostras FFPE foi baixa, mas os resultados obtidos indicam sensibilidade e especificidade moderados, demonstrando que é possível o diagnóstico da leishmaniose visceral canina com amostras FFPE
Abstract: Visceral leishmaniasis (VL) is a significant public health problem in Brazil. It affects humans, wild and domestic mammals, in the form of chr onic infectious disease with a wide range of clinical manifestations. Laboratory diagnosis is required to confirm the clinical suspicion of VL. Currently, molecular techniques based on polymerase chain reaction (PCR) have shown high specificity and sensitivity. Some authors consider more advantageous the use of frozen samples in PCR due to the better quality of DNA, in relation to that of fixed in formalin and embedded in paraffin (FFPE) samples. Howeve r, many researchers argue describe the importance of FFPE samples, due to the facility of conservation and the possibility of using PCR in retrospective studies. The aim of this study was to evaluate the accuracy of the quantitative polymerase chain reaction (qPCR) performed on intact frozen and FFPE skin samples. This is a validation study with 50 fr esh tissue samples and 50 FFPE tissues of dogs from Belém-PA. From each animal fragments of intact skin were collected, being one of the frozen fragments and another saved by paraffinization. The samples analyzed were collected from intact skin of the scapular region us ing a 3 mm punch. The qPCR was oriented targets kDNA of Leishmania infantum . The DNA extraction from FFPE samples of normal skin was performed with the QIAamp ® DNA FFPE Tissu e kit (Qiagen, California, USA) "kit" business according to the manufacturer's recomme ndations and for samples of frozen tissue the "kit" used was IllustraTM Tissue & Cells Genomicprep Mini spin (GE Healthcare), according to the manufacturer's recommendations in "kit". The results showed sensitivity and specificity for FFPE samples of 63.7 % and 77.8 %. For frozen samples were 100% and 45.9 %, respectively. The Kappa index obtained was considered weak. The recovery/concentration of DNA in FFPE samples was low, but the results indicate moderate sensitivity and specificity, demonstrating that it is possible th e diagnosis of canine visceral leishmaniasis from FFPE samples.
DeCS: Leishmaniose Visceral
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Diagnóstico
Cães
Leishmania infantum
Issue Date: 2014
Citation: CAMPOS, M. P. Comparação entre amostras de pele íntegra parafinada e congelada através da reação em cadeia da polimerase - quantitativa (qPCR) no diagnóstico da leishmaniose visceral canina. 2014. 48 f. Dissertação (Mestrado em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, 2014.
Date of defense: 2014
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Pós-Graduação em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosas
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
Program: Programa de Pós-Graduação em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosas
Copyright: open access
Appears in Collections:INI - PCDI - Dissertações de Mestrado

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