Please use this identifier to cite or link to this item: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17457
Title: Vantagens e limitações das ontologias formais na área biomédica
Other Titles: Strengths and limitations of formal ontologies in the biomedical domain
Authors: Schulz, Stefan
Stenzhorn, Holger
Boeker, Martin
Smith, Barry
Affilliation: Centro Médico Universitário Freiburg. Instituto de Biometria Médica e Informática da Medicina. Freiburg, Alemanha.
Centro Médico Universitário Freiburg. Instituto de Biometria Médica e Informática da Medicina. Freiburg, Alemanha.
Centro Médico Universitário Freiburg. Instituto de Biometria Médica e Informática da Medicina. Freiburg, Alemanha.
Universidade de Buffalo. Centro de Excelência em Bioinformática e Ciências Biológicas. Centro Nacional de Ontologia Biomédica. Departamento de Filosofia. Buffalo, EUA.
Abstract: Propomos uma tipologia dos artefatos de representação para as áreas de saúde e ciências biológicas, e a associação dessa tipologia com diferentes tipos de ontologia formal e lógica, chegando a conclusões quanto aos pontos fortes e limitações da ontologia de diferentes tipos de recursos lógicos, enquanto mantemos o foco na lógica descritiva. Consideramos quatro tipos de representação de área: (i) representação léxico-semântica, (ii) representação de tipos de entidades, (iii) representação de conhecimento prévio, e (iv) representação de indivíduos. Defendemos uma clara distinção entre os quatro tipos de representação, de forma a oferecer uma base mais racional para o uso das ontologias e artefatos relacionados no avanço da integração de dados e interoperabilidade de sistemas de raciocínio associados. Destacamos que apenas uma pequena porção de fatos cientificamente relevantes em áreas como a biomedicina pode ser adequadamente representada por ontologias formais, quando estas últimas são concebidas como representações de tipos de entidades. Particularmente, a tentativa de codificar conhecimento padrão ou probabilístico pela utilização de ontologias assim concebidas é fadada à produção de modelos não intencionais e errôneos.
Abstract: We propose a typology of representational artifacts for health care and life sciences domains and associate this typology with different kinds of formal ontology and logic, drawing conclusions as to the strengths and limitations for ontology in a description logics framework. The four types of domain representation we consider are: (i) lexico-semantic representation, (ii) representation of types of entities, (iii) representation of background knowledge, and (iv) representation of individuals. We advocate a clear distinction between the four kinds of representation in order to provide a more rational basis for the use of ontologies and related artifacts in order to advance integration of data and enhance interoperability of associated reasoning systems. We highlight the fact that only a minor portion of scientifically relevant facts in a domain such as biomedicine can be adequately represented by formal ontologies as long as the latter are conceived as representations of entity types. In particular, we show that the attempt to encode default or probabilistic knowledge using ontologies is prone to produce unintended, erroneous models.
Keywords: Biomedical Ontology
Description Logic
Formal Ontology
Knowledge Representation
keywords: Ontologia Biomédica
Lógica Descritiva
Ontologia Formal
Representação do Conhecimento
Issue Date: 2009
Publisher: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde.
Citation: SCHULZ, Stefan et al. Vantagens e limitações das ontologias formais na área biomédica. RECIIS - Revista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 3, n. 1, p. 33-48, mar. 2009.
DOI: 10.3395/reciis.v3i1.241pt
ISSN: 1981-6278
Copyright: open access
Appears in Collections:ICICT - RECIIS - Volume 3 - Número 1

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
4.pdfVersão Português218.2 kBAdobe PDFView/Open
ve_Stefan_Schulz_etal_2009_en.pdfVersão Inglês201.87 kBAdobe PDFView/Open



FacebookTwitterDeliciousLinkedInGoogle BookmarksBibTex Format mendeley Endnote DiggMySpace

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.