Please use this identifier to cite or link to this item: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17784
Title: Avaliação da prevalência de mutações transmitidas de resistência aos antirretrovirais e da história evolutiva de clados raros do HIV-1 no Rio de Janeiro em uma população de gestantes antes do início da terapia para prevenção da transmissão vertical
Advisor: Morgado, Mariza Gonçalves
Members of the board: Souza, Thiago Moreno Lopes e
Soares, Marcelo Alves
Passaes, Caroline Pereira Bittencourt
Silva, Walter de Araujo Eyer
Volotão, Eduardo de Mello
Authors: Delatorre, Edson Oliveira
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: A epidemia global do HIV está evoluindo em direção à um aumento nas taxas de mutações de resistência e diversidade molecular. Estudos prévios conduzidos na região metropolitana do estado do Rio de Janeiro (RJ) encontraram prevalências moderadas de mutações transmitidas de resistência às drogas antirretrovirais (MTRD) do HIV-1 e uma alta diversidade molecular. Neste trabalho, avaliamos a prevalência das MTRD e a história evolutiva de clados raros do HIV-1 no RJ em uma população de gestantes virgens de terapia. Foram observadas mudanças na tendência das MTRD com as maiores taxas (de inibidores nucleosídicos da transcriptase reversa para inibidores da protease) e um aumento na prevalência de subtipos não-B quando comparados a um estudo anterior conduzido no mesmo local cinco anos antes. As MTRD encontradas podem afetar o desfecho virológico dos regimes antirretrovirais padrão adotados para prevenção da transmissão vertical do HIV-1. Além disso, o nível de MTRD encontrado nesta população de gestantes é considerado alto e justifica a importância da realização da genotipagem prétratamento do HIV para determinação de resistência. Através das análises evolutivas dos clados do HIV-1 raramente encontrados no RJ, verificou-se a circulação de linhagens do subtipo C, CRF02_AG e CRF45_cpx provavelmente importadas do continente africano. A maioria das sequências brasileiras do subtipo C formaram um clado monofilético, que provavelmente se originou no Burundi e foi introduzido no estado do Paraná por volta de 1975, disseminando-se rapidamente para outras regiões brasileiras, incluindo o RJ Cinco introduções adicionais de cepas do subtipo C provavelmente originadas em países da África Oriental, Meridional e Central foram detectadas no estado do RJ. As sequências brasileiras do CRF02_AG distribuíramse em cinco linhagens distintas, provavelmente originadas na África Ocidental, provavelmente Gana, Senegal e Nigéria. Dois clados monofiléticos compostos somente por sequências fluminenses foram identificados, com datas de origem estimadas por volta de 1985. Dentre as 10 amostras recombinantes com fragmentos do subtipo K do HIV-1 isoladas no RJ e que tiveram seus genomas parciais ou quase totais sequenciados, seis mostraram um padrão similar ao CRF45_cpx ao longo de todo o genoma. As restantes foram classificadas como recombinantes de segunda-geração entre o CRF45_cpx e os subtipos B e F1, prevalentes na epidemia brasileira. Todas as sequências CRF45_cpx brasileiras, exceto uma, formaram um clado monofilético, que parece ser o resultado de um único evento de introdução ocorrido por volta de 1984. Esta linhagem se disseminou pelos estados do RJ, São Paulo e Minas Gerais e é relacionada a sequências da Argentina, Itália e Bélgica. Estas análises filogenéticas indicam um influxo contínuo de linhagens do HIV-1 de origem africana no Brasil, que foram introduzidas e/ou tem se disseminado no RJ nos últimos 30-40 anos, demonstrando a importância deste estado para a introdução de novas variantes do HIV na epidemia brasileira
Abstract: Abstract: The global HIV epidemic is evolving towards an increase in the rates of resistance mutations and molecular diversity. Previous studies conducted in the metropolitan region of Rio de Janeiro (RJ) state have found moderate prevalences of transmitted drug resistance mutations (TDRM) and high molecular diversity of HIV-1. In this work, we evaluated the prevalence of TDRM and the evolutionary history of rare HIV-1 clades in RJ found in an antiretroviral-naive pregnant women population. A change in the trend of the TDRM with higher rates (from nucleoside reverse transcriptase inhibitors to protease inhibitors) and an increase in the prevalence of non-B subtypes were observed when compared to a previous study conducted at the same location five years earlier. The TDRM level found in this population can affect the virological outcome of standard antiretroviral regimens to prevent HIV-1 vertical transmission. The TDRM level found in this pregnant women population is considered high and reinforce the relevance of the pretreatment genotyping of HIV for resistance determination. Through evolutionary analysis of HIV-1 clades rarely found in RJ, the circulation of HIV lineages of subtype C, CRF02_AG and CRF45_cpx probably imported from Africa were observed. Most Brazilian sequences of subtype C branched into a single monophyletic clade, which probably originated in Burundi and was introduced in Paraná state around 1975, spreading rapidly to other regions, including RJ. Five additional introductions of subtype C strains probably originated in Eastern, Central and Southern African countries were detected in the RJ. The Brazilian CRF02_AG sequences were distributed in five distinct lineages, which probably originated in West Africa, probably Ghana, Senegal and Nigeria Two monophyletic clades formed only by sequences from RJ were identified, and their origin dates were estimated at around 1985. Among the 10 samples with HIV-1 subtype K recombinant fragments isolated in RJ who had their partial or near-full length genomes sequenced, six showed a CRF45_cpx-like pattern throughout the genome. The remaining ones were classified as second-generation recombinants between CRF45_cpx and subtypes B and F1, prevalent in the Brazilian epidemic. All Brazilian CRF45_cpx sequences, except one, formed a monophyletic clade that seems to be the result of a single introduction event occurred around 1984. This lineage has spread through the states of RJ, São Paulo and Minas Gerais and is related to sequences from Argentina, Italy and Belgium. These phylogenetic analyzes indicate a continuous influx of HIV-1 African strains in Brazil, which were introduced and/or has spread in Rio de Janeiro in the last 30-40 years, demonstrating the importance of this state to the introduction of new HIV variants in the Brazilian epidemic
DeCS: HIV
Gestantes
Antirretrovirais
Filogenia
Filogeografia
Resistência a Medicamentos
Issue Date: 2015
Citation: DELATORRE, E. O. Avaliação da prevalência de mutações transmitidas de resistência aos antirretrovirais e da história evolutiva de clados raros do HIV-1 no Rio de Janeiro em uma população de gestantes antes do início da terapia para prevenção da transmissão vertical. 2015. 233f. Tese (Doutorado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2015.
Date of defense: 2015-10-29
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Pós-Graduação em Biologia Parasitária
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Parasitária
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBP - Teses de Doutorado
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
edson_delatorre_ioc_dout_2015.pdf25.35 MBAdobe PDFView/Open



FacebookTwitterDeliciousLinkedInGoogle BookmarksBibTex Format mendeley Endnote DiggMySpace

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.