Variações nas regiões 5’ não traduzida e na proteína não estrutural NS5A do vírus da Hepatite C em pacientes infectados com o genótipo 1

Abstract

Embora exibindo considerável variabilidade genética, a região 5' não codificante (5' RNC) do genoma viral é relativamente bem conservada entre todos os genótipos. Existem evidências da presença nestes domínios de um sítio de entrada interno do ribossomo (IRES) que permite a tradução cap-independente do RNA viral. A variabilidade na região da proteína não estrutural NS5A, designada “Região Determinante da Suscetibilidade ao Interferon” (ISDR), foi associada à resistência ou sensibilidade a terapia com interferon-α. A partir das seqüências obtidas, foram realizadas predições da estrutura secundária da 5' RNC pelos programas RNAfold, RNApdist e RNAshapes. Também foram realizados experimentos de transfecção in vivo a fim de testar a funcionalidade da 5' RNC. A correlação entre variações nas regiões 5' NRC e NS5A e resposta terapêutica, entre os grupos não respondedores e respondedores (NR e R) foram realizadas através de parâmetros de genética molecular. A Energia Livre Mínima (ELM) calculada através do RNAfold sofreu maior influência da posição do que com o número de substituições. Os resultados do RNAshapes mostraram diferenças na probabilidade de predição das shapes, reforçando a idéia de que as substituições alteram a estrutura secundária. Os resultados do RNApdist também mostraram que algumas substituições tem um impacto sobre a predição da estrutura secundária. A heterogeneidade da seqüência da 5' RNC conduziu importantes alterações na eficiência de tradução, implicando que as interações entre o RNA e fatores de tradução podem variar de acordo com o tipo de células. As regiões 5' RNC e NS5A apresentaram baixa variabilidade genética. Apenas a 5' RNC apresentou desvio da neutralidade e significativa variabilidade molecular nos dois grupos estudados (NR e R). A análise filogenética mostrou nenhuma correlação entre variações na seqüência e a resposta terapêutica.