Representação multidimensional da Rede da Vida a partir de distâncias intergenômicas

Abstract

Esta dissertação trata de métodos de cálculo de distâncias intergenômicas a partir do conjunto de proteínas preditas de organismos e da representação de distâncias intergenômicas em um modelo tridimensional da Rede da Vida. No presente trabalho é feita uma análise do método de cálculo de distâncias intergenômicas Genome Conservation e proposto um novo método, que aplica distância Jaccard aos dados de similaridade obtidos a partir de comparações de proteínas. O método proposto é capaz de inferir distâncias intergenômicas confiáveis, a partir de comparações unidirecionais de proteínas efetuadas no software SSEARCH, diminuindo a utilização extensiva e onerosa de recursos computacionais demandados pela abordagem tradicional de comparações bidirecionais. Adicionalmente, a partir da aplicação do método proposto, foram inferidas distâncias intergenômicas para 210 organismos de diferentes espécies dos três domínios da vida conhecidos, possibilitando a construção de modelo inicial de Rede da Vida. Aplicando um método matemático de escalonamento multidimensional não-métrico a Rede da Vida é apresentada em um modelo 3D.