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Title: Identificação de microRNAs expressos em lesões ativas de pacientes com leishmaniose cutânea localizada e sua associação com o desfecho da doença
Advisor: Tavares, Natalia Machado
Members of the board: Souza, Bruno Solano de Freitas
Zanette, Dalila Lucíola
Tavares, Natalia Machado
Authors: Araujo, Sara Nunes de Oliveira
Coadvisor: Oliveira, Pablo Rafael Silveira
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil
Abstract: INTRODUÇÃO: A leishmaniose cutânea localizada (LCL) é uma doença crônica caracterizada por lesão (s) de pele ulcerada e inflamação descontrolada. Os mecanismos subjacentes à sua patogênese não são completamente compreendidos e pouco se sabe sobre a regulação pós-transcricional durante LCL. MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não-codificantes, responsáveis por regular a expressão gênica, o que pode ser implicar na patogênese da LCL. OBJETIVO: O presente estudo teve como objetivo investigar o envolvimento de miRNAs e seus genes alvo na LCL humana utilizando conjuntos de dados de transcriptomas disponíveis publicamente, seguido de validação ex vivo. MATERIAL E MÉTODOS: Foram analisados dados públicos de transcriptomas [códigos de acesso GEO do GSE55664 (plataforma Illumina) e GSE63931 (plataforma Agilent)], para análise de expressão de miRNAs na LCL. Após encontrar o perfil de miRNAs, eles foram validados em novas biópsias de lesões ativas de pacientes com LCL em comparação a amostras de pele saudável (controle). Dados clínicos dos pacientes do transcriptoma (GSE55664) foram utilizados para correlacionar com os achados de expressão de miRNAs e seus genes alvo. RESULTADOS: Foram avaliados o envolvimento de 792 sondas de miRNAs e seus alvos em biópsias de pele de pacientes com LCL em comparação a controles saudáveis, utilizando dados dos transcriptomas. Além disso, as sondas de miRNAs observadas na LCL foram analisadas em outras doenças inflamatórias de pele pela mesma plataforma (GSE55664), a fim avaliar a especificidade da expressão desses miRNAs para cada doença avaliada. A análise conjunta identificou 8 miRNAs high confidence alterados (-1.5 <Fold Change> 1,5 p-valor <0,05) entre lesões de LCL e controle. Esse estudo revela que a expressão de miR-193b, miR-671 e seus genes alvo estão associados ao tamanho da lesão, indicando um papel importante dessas moléculas na gravidade da doença. A análise de redes mostrou que, miR-193b, miR-671 e TREM1 apenas se correlacionam em pacientes que apresentam um tempo de cura de até 59 dias. CONCLUSÃO: Dado que esses miRNAs e seus genes alvo estão associados ao controle da inflamação e do tempo de cura, nossos achados revelam que podem influenciar a patogênese e o prognóstico da LCL.
Abstract: INTRODUCTION: Localized Cutaneous Leishmaniasis (LCL) is a chronic disease characterized by ulcerated skin lesion(s) and uncontrolled inflammation. The mechanisms underlying its pathogenesis are not completely understood and little is known about posttranscriptional regulation during LCL. MicroRNAs (miRNAs) are non-coding small RNAs that regulates gene expression, which can be implicated in the pathogenesis of LCL. AIM: To investigate the involvement of miRNAs and their targets in human LCL using publicly available transcriptomes data, followed by ex vivo validation. MATERIAL AND METHODS: Public data from transcripts [GEO access codes GSE55664 (Illumina platform) and GSE63931 (Agilent platform)] were analyzed for expression of miRNAs in LCL. After finding the miRNAs profile, they were validated in new biopsies of active lesions from LCL patients compared to healthy skin control. Clinical data from transcriptome patients (GSE55664) were used to correlate with the expression findings of miRNAs and their target genes. RESULTS: Initial analysis highlighted that miRNAs expression is altered during LCL, clustering patients separately from controls. Moreover, we analyzed the miRNAs probes seen in LCL in others inflammatory skin disease from Illumina platform (GSE55664) in order to reinforce that specificity of microRNA expression for each condition or disease evaluated. Therefore, the expression profile of these miRNAs seems specific from LCL. Joint analysis identified 8 high confidence microRNAs altered (-1.5≤fold change≥1.5; p<0.05) between cutaneous ulcers and uninfected skin. We found that the expression of miR-193b, miR-671 and their target genes greatly associates with lesion size, indicating an important role of these molecules in disease severity. Network analysis revealed that, miR-193b, miR-671 and TREM1 correlate only in patients that shows faster wound healing (less than 59 days) than patients with longer time of cure (more than 60 days). CONCLUSION: Given that these miRNAs and target genes are associated with the control of inflammation and time of healing, our findings reveal that they might influence the pathogenesis and prognosis of LCL.
Keywords: Leishmania braziliensis
microRNA
Skin
Transcriptome
keywords: Leishmania braziliensis
microRNA
Pele
Transcriptomas
Issue Date: 2017
Publisher: Instituto Gonçalo Moniz
Citation: ARAÚJO, S. N. O. Identificação de microRNAs expressos em lesões ativas de pacientes com leishmaniose cutânea localizada e sua associação com o desfecho da doença. 76 f. il. Dissertação (Mestrado em Patologia). Universidade Federal da Bahia. Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Gonçalo Moniz, Salvador, 2017.
Date of defense: 2017-09-04
Place of defense: Salvador/Ba
Department: Coordenação de Ensino
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz
Program: Pós-Graduação em Patologia
Copyright: open access
Appears in Collections:BA - IGM - Dissertações de Mestrado

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