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CAN THE FALSE-DISCOVERY RATE BE MISLEADING?
Barboza, Rodrigo et al. | Date Issued: 2011
Author
Barboza, Rodrigo
Cociorva, Daniel
Xu, Tao
Barbosa, Valmir C.
Perales, Jonas
Valente, Richard H.
França, Felipe M. G.
Yates, John R.
Carvalho, Paulo C.
Affilliation
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Programa de Engenharia de Sistemas e Ciência da Computação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
The decoy-database approach is currently the gold standard for assessing the confidence of identifications in shotgun proteomic experiments. Here, we demonstrate that what might appear to be a good result under the decoy-database approach for a given false-discovery rate could be, in fact, the product of overfitting. This problem has been overlooked until now and could lead to obtaining boosted identification numbers whose reliability does not correspond to the expected false-discovery rate. To overcome this, we are introducing a modified version of the method, termed a semi-labeled decoy approach, which enables the statistical determination of an overfitted result.
Keywords in Portuguese
taxa de descoberta falsa
proteômica de espingarda
identificação de proteínas
chamariz
 
Keywords
shotgun proteomics
overfitting
protein identification
false-discovery rate
decoy
 
Publisher
Wiley
Citation
BARBOZA, Rodrigo; et al. Can the false-discovery rate be misleading?. Proteomics. v.11, n.20, p.4105-4108, Oct. 2011.
DOI
10.1002/pmic.201100297
ISSN
1615-9853