Colorimetric microwell plate reverse-hybridization assay for detection and genotyping of hepatitis C virus

Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Centro de Biotecnologia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Diagnóstico Genético e Molecular. Canoas, RS, Brasil / Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Genética e Toxicologia Aplicada. Canoas, RS, Brasil.
Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Centro de Biotecnologia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde. Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Porto Alegre, RS, Brasil.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Centro de Biotecnologia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Virologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Centro de Biotecnologia. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Porto Alegre, RS, Brasil / Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Diagnóstico Genético e Molecular. Canoas, RS, Brasil / Universidade Luterana do Brasil. Programa de Pós-Graduação em Genética e Toxicologia Aplicada. Canoas, RS, Brasil.

Abstract

This study describes a colorimetric method for detecting and genotyping hepatitis C virus (HCV) in which four different oligonucleotide probes are fixed onto microwell plates and hybridized separately with biotinylated PCR amplification products derived from clinical samples. The first probe capable of hybridizing with all seven known HCV genotypes was used for overall detection, and the remaining probes were used to recognize specifically genotypes 1-3. When combined with an improved silica-based RNA extraction method, the sensitivity of the test was 50 IU/mL. Eighty-five of the 86 samples analyzed (98.8%) yielded results in agreement with reference detection methods. The remaining sample was HCV-RNA positive in the COBAS Amplicor qualitative assay, but was negative using the reverse-hybridization method. The usefulness of the new genotyping test was confirmed by comparison with direct sequencing of PCR products: 98% of samples tested (54/55) were in agreement using the two methods (21, 7 and 27 from genotypes 1-3, respectively). The single discrepancy might have been due to a mixed HCV infection. The new method is an alternative to the use of commercially available genotyping kits and should be particularly convenient in developing countries where genotypes 1-3 represent a high proportion of HCV isolates.

Keywords in Portuguese

Genótipos de HCV
Sondas oligonucleotídicas
Sensibilidade
Brasil
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
Sequenciamento de nucleotídeos

Keywords

HCV genotypes
Nucleotide sequencing
Oligonucleotide probes
RT-PCR
Sensitivity
Brazil

Publisher

Elsevier

Citation

COSTI, Cintia; et al. Colorimetric microwell plate reverse-hybridization assay for detection and genotyping of hepatitis C virus. Journal of Virological Methods, v.162, p.75–80, 2009.

DOI

10.1016/j.jviromet.2009.07.017

ISSN

0166-0934

Please use this identifier to cite or link to this item: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/27788

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2030-01-01

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