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PROTOZOADB: DYNAMIC VISUALIZATION AND EXPLORATION OF PROTOZOAN GENOMES
Dávila, Alberto M. R. et al. | Date Issued: 2008
Author
Dávila, Alberto M. R.
Mendes, Pablo N.
Wagner, Glauber
Tschoeke, Diogo A.
Cuadrat, Rafael R. C.
Liberman, Felipe
Matos, Luciana
Satake, Thiago
Ocaña, Kary A. C. S.
Triana, Omar
Cruz, Sérgio M. S.
Jucá, Henrique C. L.
Cury, Juliano C.
Silva, Fabricio N.
Geronimo, Guilherme A.
Ruiz, Margarita
Ruback, Eduardo
Silva, Floriano P.
Probst, Christian M.
Grisard, Edmundo C.
Krieger, Marco A.
Goldenberg, Samuel
Cavalcanti, Maria C. R.
Moraes, Milton O.
Campos, Maria L. M.
Mattoso, Marta
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Wright State University. Knoesis Center. USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Universidade Federal de Santa Catarina. Centro Biomédico. SC, Brasil / Universidade do Oeste de Santa Catarina. SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Paraná. PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil / Antioquia University. Colombia.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. NCE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro Biomédico. SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Biologia Molecular do Paraná. PR, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro Biomédico. SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Biologia Molecular do Paraná. PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Biologia Molecular do Paraná. PR, Brasil.
Instituto Militar de Engenharia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ. Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. DCC. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. COPPE. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
ProtozoaDB (http://www.biowebdb.org/protozoadb) is being developed to initially host both genomics and post-genomics data from Plasmodium falciparum, Entamoeba histolytica, Trypanosoma brucei, T. cruzi and Leishmania major, but will hopefully host other protozoan species as more genomes are sequenced. It is based on the Genomics Unified Schema and offers a modern Web-based interface for user-friendly data visualization and exploration. This database is not intended to duplicate other similar efforts such as GeneDB, PlasmoDB, TcruziDB or even TDRtargets, but to be complementary by providing further analyses with emphasis on distant similarities (HMM-based) and phylogeny-based annotations including orthology analysis. ProtozoaDB will be progressively linked to the above-mentioned databases, focusing in performing a multi-source dynamic combination of information through advanced interoperable Web tools such as Web services. Also, to provide Web services will allow third-party software to retrieve and use data from ProtozoaDB in automated pipelines (workflows) or other interoperable Web technologies, promoting better information reuse and integration. We also expect ProtozoaDB to catalyze the development of local and regional bioinformatics capabilities (research and training), and therefore promote/enhance scientific advancement in developing countries.
Keywords in Portuguese
ProtozoaDB
Capacidades de bioinformática
Desenvolvimento de sistemas locais e regionais
Base de dados
Genômica dos protozoários
Pesquisas
Avanço científico
 
Keywords
ProtozoaDB
Protozoan genomes
Scientific advancement
Database
Research
Development of local and regional bioinformatics capabilities
 
Publisher
Oxford University Press
Citation
DÁVILA, Alberto M. R. et al. ProtozoaDB: dynamic visualization and exploration of protozoan genomes. Nucleic Acids Research, v. 36, p. D547–D552, 2008.
DOI
10.1093/nar/gkm820
ISSN
0305-1048