Vigilância genômica em tempo real de arbovírus emergentes e re-emergentes

Abstract

INTRODUÇÃO: As altas taxas de incidência do vírus Zika (ZIKV), que está associado à síndrome de Guillain-Barré, preocupa os setores de saúde pública. Em adição ao cenário causado pela emergência do CHIKV e ZIKV, o Brasil experimentou um surto excepcional, causado pelo vírus da febre amarela (YFV) entre o final de 2016 e meados de 2017. No contexto nacional, sabe-se que há co- circulação desses arbovírus, que são transmitidos principalmente, pelas mesmas espécies de mosquitos,em áreas urbanizadas, amplamente distribuídos em regiões tropicais e subtropicais. Nas Américas, incluindo assim o Brasil, onde a epidemia causada pelo ZIKV é concorrente às causadas por CHIKV, a rápida identificação do vírus e o conhecimento do genoma tornou-se crucial, para o monitoramento da diversidade viral. OBJETIVO:Dessa forma, objetivamos compreender a origem, os eventos de introdução e dispersão viral, bem como a identificação de cepas ou genótipos com maior potencial epidêmico relacionados aos arbovírus emergentes e re-emergentes. MATERIAIS E MÉTODOS: Aliando técnicas de sequenciamento em tempo real, através de um sequenciador portátil baseado em nanoporos, com análises de bioinformática (utilizando modelos epidemiológicos e filodinâmicos), foi possível gerar um número substancial de novos genomas dos arbovírus ZIKV, YFV e CHIKV. RESULTADOS: Neste trabalho, demonstramos que a epidemia de ZIKV nas Américas se originou de uma única linhagem viral derivada do genótipo Asiático e evidenciamos que o Nordeste do Brasil desempenhou um papel central no estabelecimento e disseminação nas Américas. Além disso, achados relacionados à epidemia de YFV,demonstraram que a maioria dos casos humanos (98,5%) foi relatada em municípios com cobertura de vacinação para YFV acima do limiar preconizado pelo Ministério da Saúde (95%), indicando que a infecção se deu através de indivíduos que residem ou trabalham em áreas florestais onde ocorre a transmissão silvestre. Neste trabalho,foram ainda gerados novos genomas completos do CHIKV isolados de diferentes compartimentos celulares (sangue, saliva e urina). Os novos genomas pertencem ao genótipo ECSA, indicando a persistência da circulação dentro da população de Feira de Santana (FSA). Neste trabalho apresentamos ainda, otimização dos protocolos utilizados para amplificação dos genomas virais, além da utilização do sequenciamento baseado em nanoporos para estudos diretamente do RNA.CONCLUSÃO: Os resultados das análises aqui realizadas, dão suporte às autoridades em saúde pública nas medidas de prevenção em áreas com alto risco da introdução ou incidência prevista de arbovírus emergentes e re-emergentes,corroborando com a necessidade do estabelecimento de uma rede conjunta de laboratórios e pesquisadores para o manejo correto e fornecimento de rápidas respostas ao surgimento de epidemias.