| Author | Jesus, Jaqueline Goes de | |
| Author | Wallau, Gabriel da Luz | |
| Author | Maia, Maricelia Lima | |
| Author | Xavier, Joilson | |
| Author | Lima, Maria Aparecida Oliveira | |
| Author | Fonseca, Vagner | |
| Author | Abreu, Alvaro Salgado de | |
| Author | Tosta, Stephane Fraga de Oliveira | |
| Author | Amaral, Helineide Ramos do | |
| Author | Lima, Italo Andrade Barbosa | |
| Author | Silva, Paloma Viana | |
| Author | Santos, Daiana Carlos dos | |
| Author | Oliveira, Aline Sousa de | |
| Author | Souza, Siane Campos de | |
| Author | Falcão, Melissa Barreto | |
| Author | Cerqueira, Erenilde | |
| Author | Machado, Laís Ceschini | |
| Author | Sobral, Mariana Carolina | |
| Author | Rezende, Tatiana Maria Teodoro | |
| Author | Pereira, Mylena Ribeiro | |
| Author | Pereira, Felicidade Mota | |
| Author | Maia, Zuinara Pereira Gusmão | |
| Author | França, Rafael Freitas de Oliveira | |
| Author | Abreu, Andre Luiz de | |
| Author | Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e | |
| Author | Faria, Nuno Rodrigues | |
| Author | Cunha, Rivaldo Venâncio da | |
| Author | Giovanetti, Marta | |
| Author | Alcantara, Luiz Carlos Junior | |
| Access date | 2020-03-10T15:52:06Z | |
| Available date | 2020-03-10T15:52:06Z | |
| Document date | 2020 | |
| Citation | JESUS, Jaqueline Goes de et al. Persistence of chikungunya ECSA genotype and local outbreak in an upper medium class neighborhood in Northeast Brazil. Plos One, v. 15, n. 1, p. 1-11, Jan. 2020. | pt_BR |
| ISSN | 1932-6203 | pt_BR |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/40276 | |
| Language | eng | pt_BR |
| Publisher | Public Libray of Science | pt_BR |
| Rights | open access | |
| Subject in Portuguese | Genótipo chikungunya ECS | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Chikungunya | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Surto | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Classe média alta | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Região Nordeste | pt_BR |
| Subject in Portuguese | Brasil | pt_BR |
| Title | Persistence of chikungunya ECSA genotype and local outbreak in an upper medium class neighborhood in Northeast Brazil | pt_BR |
| Type | Article | |
| DOI | 10.1371/journal.pone.0226098 | |
| Abstract | The chikungunya East/Central/South/Africa virus lineage (CHIKV-ECSA) was first detected in Brazil in the municipality of Feira de Santana (FS) by mid 2014. Following that, a large number of CHIKV cases have been notified in FS, which is the second-most populous city in Bahia state, northeastern Brazil, and plays an important role on the spread to other Brazilian states due to climate conditions and the abundance of competent vectors. To better understand CHIKV dynamics in Bahia state, we generated 5 complete genome sequences from a local outbreak raised in Serraria Brasil, a neighbourhood in FS, by next-generation sequencing using Illumina approach. Phylogenetic reconstructions revealed that the new FS genomes belongs to the ECSA genotype and falls within a single strongly supported monophyletic clade that includes other older CHIKV sequences from the same location, suggesting the persistence of the virus during distinct epidemic seasons. We also performed minor variants analysis and found a small number of SNPs per sample (b_29L and e_45SR = 16 SNPs, c_29SR = 29 and d_45PL and f_45FL = 21 SNPs). Out of the 93 SNPs found, 71 are synonymous, 21 are non-synonymous and one generated a stop codon. Although those mutations are not related to the increase of virus replication and/or infectivity, some SNPs were found in non-structural proteins which may have an effect on viral evasion from the mammal immunological system. These findings reinforce the needing of further studies on those variants and of continued genomic surveillance strategies to track viral adaptations and to monitor CHIKV epidemics for improved public health control. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil / Ministério da Saúde. Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Ministério da Saúde. Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Organizac¸ão Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, United Kingdom. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal do Mato Grosso do Sul. Faculdade de Medicina. Departamento de Clínica Médica. Campo Grande, MS, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Affilliation | Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | pt_BR |
| Subject | Chikungunya ECSA genotype | pt_BR |
| Subject | Chikungunya | pt_BR |
| Subject | Local outbreak | pt_BR |
| Subject | Northeast Brazil | pt_BR |
| Subject | Upper medium class | pt_BR |
