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PERSISTENCE OF CHIKUNGUNYA ECSA GENOTYPE AND LOCAL OUTBREAK IN AN UPPER MEDIUM CLASS NEIGHBORHOOD IN NORTHEAST BRAZIL
Jesus, Jaqueline Goes de et al. | Date Issued: 2020
Author
Jesus, Jaqueline Goes de
Wallau, Gabriel da Luz
Maia, Maricelia Lima
Xavier, Joilson
Lima, Maria Aparecida Oliveira
Fonseca, Vagner
Abreu, Alvaro Salgado de
Tosta, Stephane Fraga de Oliveira
Amaral, Helineide Ramos do
Lima, Italo Andrade Barbosa
Silva, Paloma Viana
Santos, Daiana Carlos dos
Oliveira, Aline Sousa de
Souza, Siane Campos de
Falcão, Melissa Barreto
Cerqueira, Erenilde
Machado, Laís Ceschini
Sobral, Mariana Carolina
Rezende, Tatiana Maria Teodoro
Pereira, Mylena Ribeiro
Pereira, Felicidade Mota
Maia, Zuinara Pereira Gusmão
França, Rafael Freitas de Oliveira
Abreu, Andre Luiz de
Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e
Faria, Nuno Rodrigues
Cunha, Rivaldo Venâncio da
Giovanetti, Marta
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil / Ministério da Saúde. Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil.
Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Organizac¸ão Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, United Kingdom.
Universidade Federal do Mato Grosso do Sul. Faculdade de Medicina. Departamento de Clínica Médica. Campo Grande, MS, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
The chikungunya East/Central/South/Africa virus lineage (CHIKV-ECSA) was first detected in Brazil in the municipality of Feira de Santana (FS) by mid 2014. Following that, a large number of CHIKV cases have been notified in FS, which is the second-most populous city in Bahia state, northeastern Brazil, and plays an important role on the spread to other Brazilian states due to climate conditions and the abundance of competent vectors. To better understand CHIKV dynamics in Bahia state, we generated 5 complete genome sequences from a local outbreak raised in Serraria Brasil, a neighbourhood in FS, by next-generation sequencing using Illumina approach. Phylogenetic reconstructions revealed that the new FS genomes belongs to the ECSA genotype and falls within a single strongly supported monophyletic clade that includes other older CHIKV sequences from the same location, suggesting the persistence of the virus during distinct epidemic seasons. We also performed minor variants analysis and found a small number of SNPs per sample (b_29L and e_45SR = 16 SNPs, c_29SR = 29 and d_45PL and f_45FL = 21 SNPs). Out of the 93 SNPs found, 71 are synonymous, 21 are non-synonymous and one generated a stop codon. Although those mutations are not related to the increase of virus replication and/or infectivity, some SNPs were found in non-structural proteins which may have an effect on viral evasion from the mammal immunological system. These findings reinforce the needing of further studies on those variants and of continued genomic surveillance strategies to track viral adaptations and to monitor CHIKV epidemics for improved public health control.
Keywords in Portuguese
Genótipo chikungunya ECS
Chikungunya
Surto
Classe média alta
Região Nordeste
Brasil
 
Keywords
Chikungunya ECSA genotype
Chikungunya
Local outbreak
Northeast Brazil
Upper medium class
 
Publisher
Public Libray of Science
Citation
JESUS, Jaqueline Goes de et al. Persistence of chikungunya ECSA genotype and local outbreak in an upper medium class neighborhood in Northeast Brazil. Plos One, v. 15, n. 1, p. 1-11, Jan. 2020.
DOI
10.1371/journal.pone.0226098
ISSN
1932-6203