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RETURN OF THE FOUNDER CHIKUNGUNYA VIRUS TO ITS PLACE OF INTRODUCTION INTO BRAZIL IS REVEALED BY GENOMIC CHARACTERIZATION OF EXANTHEMATIC DISEASE CASES
Maia, Zuinara Pereira Gusmão et al. | Date Issued: 2019
Author
Maia, Zuinara Pereira Gusmão
Pereira, Felicidade Mota
Said, Rodrigo Fabiano do Carmo
Fonseca, Vagner
Gräf, Tiago
Nogueira, Fernanda de Bruycker
Nardy, Vanessa Brandão
Xavier, Joilson
Maia, Maricelia Lima
Abreu, Andre Luiz de
Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e
Oliveira, Wanderson Kleber
Croda, Julio
Filippis, Ana Maria Bispo de
Cunha, Rivaldo Venancio
Lourenço, Jose
Oliveira, Tulio de
Faria, Nuno Rodrigues
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Giovanetti, Marta
Affilliation
Laboratório Central de Saúde Pública. Departamento de Virologia, Salvador, BA, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública. Departamento de Virologia, Salvador, BA, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral de Vigilância de Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZulu- Natal, Durban. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Muniz. Laboratório de Patologia Experimental. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública. Departamento de Virologia, Salvador, BA, Brasil.
Universidade Estadual de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil / Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Departamento de Vigilância de Doenças Transmissíveis. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Mato Grosso do Sul. MS, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Coordenação de Saúde Laboratórios de Vigilância e Referência. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
University of Oxford. Oxford, UK.
University of KwaZulu- Natal, Durban. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
University of Oxford. Oxford, UK.
University of KwaZulu- Natal, Durban. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral de Vigilância de Arboviroses. Brasília, DF, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Between June 2017 and August 2018, several municipalities located in Bahia state (Brazil) reported a large increase in the number of patients presenting with febrile illness similar to that of arboviral infections. Using a combination of portable whole genome sequencing, molecular clock and epidemiological analyses, we revealed the return of the CHIKV-ECSA genotype into Bahia. Our results show local persistence of lineages in some municipalities and the re-introduction of new epidemiological strains from different Brazilian regions, highlighting a complex dynamic of transmission between epidemic seasons and sampled locations. Estimated climate-driven transmission potential of CHIKV remained at similar levels throughout the years, such that large reductions in the total number of confirmed cases suggests a slow, but gradual accumulation of herd-immunity over the 4 years of the epidemic in Bahia after its introduction in 2014. Bahia remains a reservoir of the genetic diversity of CHIKV in the Americas, and genomic surveillance strategies are essential to assist in monitoring and understanding arboviral transmission and persistence both locally and over large distances.
Keywords in Portuguese
Chikungunya
Genótipo centro-sul-africano
Nordeste do Brasil
Vigilância
Sequenciamento de genoma portátil
 
Keywords
Chikungunya
East-Central-South-African genotype
Northeast Brazil
Surveillance
Portable genome sequencing
 
Publisher
Taylor & Francis Open Access
Citation
MAIA, Zuinara Pereira Gusmão et al. Return of the founder Chikungunya virus to its place of introduction into Brazil is revealed by genomic characterization of exanthematic disease cases. Emerging Microbes and Infections, v. 9, n. 1, p. 53-57, 27 Dec. 2019.
DOI
10.1080/22221751.2019.1701954
ISSN
2222-1751